Linux-贝纳基因-张旭东.pdf

迈开第一步 —— Linux基本知识与实战 据研究，有一个基因G1控制植物对真菌F的抗性，基因G1的序列已知。你期望找到这 个基因在物种S中的同源基因。 物种S = 水稻 ？ 物种S = De novo 基因组 ？ •软件安装、使用 •环境变量 •操作系统安装 •文件系统 •用户管理 •权限控制 •常用命令 •shell编程 •服务器选择和搭建 •集群与并行计算 选择什么操作系统 操作系统市场份额 Operating systems used on top 500 supercomputers 选择什么操作系统 准备一台服务器 云计算 or 自建服务器 ？ 云计算的好与坏 • 一次性投入低、按需付费 • 扩展性好 • 维护成本低 • 共享 • 长期使用成本较高 • 大数据传输是瓶颈 服务器配置-内存 任务 软件 内存峰值 组装1Gb基因组 SOAPdenovo 100Gb ALLPATH-LG 500Gb 组装转录组 Trinity 30Gb 重复序列注释 Repeatmasker 3Gb 蛋白功能注释 Interproscan 3Gb Reads mapping bwa 2Gb 序列比对 Blast 2Gb 服务器配置-并行计算 • 如果我不做组装这些需要大内存的分析，是不是个人电脑 就够用了呢？ • 40000个基因功能注释？ • 核 • CPU • 集群 控制器（SGE、LSF）/登录节点 PC终端 在虚拟机中安装Linux 1. 安装虚拟机； 2. 导入虚拟操作系统。 安装虚拟机 导入虚拟操作系统 使用Linux服务器 连接到Linux服务器 需要准备的数据： 1.服务器IP 2.用户名 3.密码 文件系统 / 根目录 ~ Home 目录 . 当前目录 .. 上级目录 - 返回 相关命令：pwd、cd 一个简单的命令 l ls l ls -l l ls -l /home/zhxd 命令 选项 参数