Sybyl对接教程.pdf

Sybyl 对接教程 1.先建立存放需要对接的蛋白和小分子的文件夹。 我建立的docking_sybyl文件夹。文件夹里面放有靶点蛋白和需要对 接的小分子，如下图。 设置对接文件夹路径：Options→set→Default Directory 找到docking_sybyl文件夹，点击OK。 下面开始对接：Application→DockingSuite→DockingLigands 进入Docking界面。 点击define,进入Surflex-Dock界面。 导入蛋白结构，点击红圈中下拉框。 进入docking_sybyl文件夹。 选择3dlg.pdb 点击OK。 这样蛋白已经导入sybyl窗口。 接下来对蛋白。 点击Prepare。 点击Extract Ligand Substructures （提取小配体）。 选择小配体GWE999，点击OK。 点击Remove Substructures(删去无关的水分子和离子) 点击OK 到此蛋白已经准备好。 点击Return。 点击OK。 点击Generate，产生活性位点。 即产生protomol,3dlg_H-L-0.50-0-protomol.mol2 点击OK。 在Ligand source 下拉框中有常见的小分子格式可以选择，看你要 对接的小分子是什么格式就选什么格式。我的是mol2格式 就选择mol2 file 点击红圈中下拉框，选择需要对接的小分子。 选择AMD.mol2 点击OK。 Proc根据你的电脑的核数来确定，我的是两核，填2。四核填4。 Jobname 可以根据习惯自己命名。 点击OK，开始对接。 等待。。。 对接完后出现Result Browser界面。 View 选择DockingRun1_site.mol2 点击小分子AMD,出现结合模式。 点击save result 设置如下：每个配体保留3个构象 点击OK。 显示小分子前3个构象 选择第一行，显示蓝色，点击3D。 点击 选择M2:3dlg,点击Specify。 点击 设置显示的颜色风格等。 还可以保存纯蛋白和对接后的小分子，用来做分子动力学。 点击AMD 点击第二个 点击Save 这里说明一下： 可以直接把删去小配体，水分子和离子的纯蛋白拿来做分子动力学。 因为在对接过程中蛋白的构象并不变，所谓的半柔性对接。只有小分 子的构象在变。