数量遗传学软件使用总结.pdf

植物数量遗传软件总结 Mapmaker ，JoinMap ，WinQTLCart ，PowerMarker ，TASSEL ，Structure 刘 兵 1. 分别利用 Mapmaker 和 JoinMap 软件对数据 marker and trait data.xls （F 群体，300 个个体， 29 个分子标记，1 个数量性状，标记编码中 0、1 和 2 分别表示 aa、Aa 和 AA 基因型）进行分 析，构建分子标记连锁图。（要求：列出主要的步骤和结果，并对结果进行说明；提交转换后 的电子版数据文件，即 Mapmaker 的 raw 格式数据文件和 JoinMap 的 loc 格式数据文件）（30 分） 解答：Mapmaker 的主要操作步骤： （1）、之前准备一个 .PRE 格式文件，见附件。 （2）、准备文件 f.RAW，导入数据文件，pd f 。 （3）、s all （4）、assign （5）、list chrom （6）、看是否还有标记没有定位到染色体上的，假如有，用指令 s unassigned 和 list status，假如没有，用 links 指令。 （7）、s chrom1 （8）、three point （9）、order （10）、s order1 （11）、map （12）、error detection on （13）、map （14）、error detection off （15）、framework chrom1 （16）、place （17）、draw chromosome （18）、s chrom2 （19）、重复步骤（8）到步骤（17）。 （20）、s chrom3 （21）、重复步骤（8）到步骤（17）。 （22）、quit Mapmaker 所得结果： =============================================================================== chrom1 framework: Markers Distance 10 M10 18.2 cM 25 M25 4.6 cM 29 M29 5.7 cM 21 M21 1.5 cM 1 M01 13.0 cM 28 M28 6.8 cM 13 M13 10.2 cM 12 M12 7.5 cM 1 5 M05 67.5 cM 9 markers log-likelihood= -621.10 结果分析：可以看出标记 M10 、M25 、M29 、M21 、M01 、M28 、M13 、M1 、M05 位于同一个连锁群上，并以此顺序排列 在染色体上，标记之间的距离如上所示，总长度为 67.5cM，似然值为 -621.10 。 =============================================================================== chrom2 framework: Markers Distance 15 M15