染色质免疫沉淀鄄测序全基因组范围研究.PDF

生物化学与生物物理进展 Progress in Biochemistry and Biop hys ics 2013, 40(3): 2 16~227 色质免疫沉淀 测序：全基因组范围研究 蛋白质DNA 相互作用的新技术* 1) 1) 1) 1) 1, 2) 梁芳 徐 柯 龚朝建 李 俏 马 健 熊 炜1, 2) 曾朝阳1)** 李桂源1, 2)** (1) 南大学肿瘤研究所，卫生部癌变原理重点实验室及教育部癌变与侵袭原理重点实验室，长沙4 10078； 2) 南大学疾病基因组研究中心湖南省非可控性炎症与肿瘤重点实验室，长沙4100 13) 摘要 染色质免疫沉淀- 测序(ChIP-seq)是近年来新兴的将染色质免疫沉淀(ChIP)与深度测序技术相结合，在全基因组范围内 分析DNA 结合蛋白结合位点、组蛋白修饰、核小体定位和DNA 甲基化的高通量技术 在新一代测序(NGS)技术的大力推 下，ChIP-seq 提供了一种相对于ChIP-chip 高分辨率、低噪音、高覆盖率的研究方法 随着测序成本的降低，ChIP-seq 逐步 成为研究基因调控和表观遗传机制的一种常用手段 本文就该技术的最近研究进展进行综述，并着重介绍ChIP-seq 数据分 析过程及该技术的实际应用情况. 关键词 ChIP-seq，新一代测序技术，基因调控，表观遗传学，数据分析 学科分类号 Q78 ，Q81 DOI: 10.3724/SP.J.1206.2012.00305 人类基因组序列测定工作的完成标志着生物学 combined with DNA tiling arrays)，ChIP-seq 提供了 研究已经进入后基因组研究时代，功能基因组学的 一种高分辨率、低噪音、高覆盖率的研究蛋白质- [11] 研究逐渐成为研究的热点，而基因表达的调控又是 DNA 相互作用的手段 ，可以应用到任何基因组 功能基因组学的一个重要研究领域 从全基因组层 序列已知的物种，可以研究任何一种DNA 相关蛋 面考察核转录因子-DNA 相互作用和表观修饰是全 白与其靶定DNA 之间的相互作用，并能确切得到 面认识基因转录调控过程必不可少的环节 每一个片段的序列信息 随着测序成本的降低， 新一代测序(next-generation sequencing，NGS) ChIP-seq 逐步成为研究基因调控和表观遗传机制的 技术的迅猛发展将基因组学水平的研究带入了一个 一种常用手段 本文主要就这一新兴技术的基本原 新的阶段，使得许多基于全基因组的研究成为可 理和实验设计、优点、数据分析、实际应用等方面 能，如全基因组测序(whole-genome sequencing)[1-3] 、 进行讨论 RNA-Seq(RNA sequencing)[4-5] 染色质免疫沉淀测 序技术(chromatin immunoprecipitation followed by sequencing，ChIP-Seq)是近年来新兴的将染色质免 * 国家自然科学基金资助项目 3087 1282, 疫沉淀技术(chromatin immunoprecipitation，ChIP) 8117 1930)，湖南省自然科学基金(10JJ7003)，霍英东高 与新一代测序技术相结合，在全基因组范围内分析 校青年教师基金(12 1036)， 央高校基本科研业务费专项资金 (2011JQ020)，中南大学米塔尔创新创业项目(11MX27)和 南大学 转录因子结合位点(transcriptio