炭疽芽孢杆菌MLVA分子分型的分析研究.pdfVIP

lfliifrflll[1llJirlj[]lliIr f／rll llllrllllll 摘要 Y1 942987 摘要 炭疽病是由炭疽芽孢杆菌(Bacillusanthracis)引起的人兽共患传染病，曾多次 被恐怖分子用来发动生物恐怖袭击。随着国际上生物战剂的研究发展和恐怖组织 的活动频繁，炭疽越来越对人畜构成了威胁，因此建立快速、经济的分子分型方 法，对预防和控制炭疽芽孢杆菌的大面积爆发和流行来说显得非常必要。 本研究对我国的炭疽芽孢杆菌进行了可变数目串联重复序列分析(Multiple LocusVariable．NumberTandem RepeatsAnalysis，MLVA)分析，初步探讨了可变数 NumberTandem 目串联重复(Variable Repeat，VNTR)位点在炭疽芽孢杆菌中的多 态性，以及中国地区的主要流行菌株之间的遗传关系。 本文使用经典的苯酚氯仿方法，对全国各炭疽自然疫源地分离到的198株炭 疽芽孢杆菌的基因组DNA进行了提取。利用TandemFinder软件进行生 Repeats 物信息学分析后，最终选取了18个VNTR多态性位点。针对不同的VNTR多态 性位点两端的基因组序列，设计了特异性荧光标记引物，PCR扩增后通过毛细 管电泳检测。通过Genemarker软件确定PCR扩增片段长度，计算每个菌株不同 串联重复位点拷贝数。采用Bionumerics软件分析，选用非加权组平均法 (UPGMA)对炭疽芽孢杆菌进行聚类分析，研究炭疽芽孢杆菌菌株之间的遗传 差异。 结果表明：使用18个串联重复位点进行UPGMA聚类分型，可鉴定出96个 基因型。按遗传学距离归纳为2个集群A和B，共分为4个组AI，A2，BI， B2。AI组可划分为两个亚组A1．a，AI．b，BI组可划分为两个亚组BI．a，B1．b。 B2组也可划分为两个亚组B2．a，B2．b。炭疽芽孢杆菌分布主要集中在AI．b亚群 以及Bl组和B2组中。A1．b亚群主要分布的基因型为4、18和3l，Bl组主要 分布的基因型为57、59、68、77和78，B2组主要分布的基因型为84和92。 定了一个新的VNTR多态性位点A031。选用这八个多态信息含量最高位点进行组 合后对炭疽芽孢杆菌进行UPGMA聚类分析，可鉴定出66个基因型。 本论文的初步研究结果将对推动我国炭疽芽孢杆菌的分子分型，保障我国在 生物防控领域的监控水平，起到积极的推动作用。 T 摘要 关键词：炭疽芽孢杆菌，多位点串联重复序列，分子分型，生物信息学，聚类分 析 U Abstract Anthraxis Bacillus azoonoticdiseasecaused anthracis．whichhasbeenused by 鹊biologicalweaponbyterroriststo launchbio-terroristattacks．Withthe of andtheactivitiesofinternationalterrorist developmentbiologicalweapon isanew threattoh