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分子动力学技术简介 简介 分子动力学属于基于力场的模拟方法，是分子模拟中最常用的方法之一。它能够动态 的描述分子的运动状况，继而研究生命的动态过程。其应用领域非常广泛。就生命科学而言， 它的主要应用包括：蛋白质折叠机理研究、酶催化反应机理研究、与功能相关的蛋白质运动 研究、生物大分子大范围构象变化的研究等等。所以，分子动力学模拟对于了解分子的动态 过程非常关键。 最近几十年，运用分子动力学方法已经成功地进行了大分子体系低能量构象的模建和 X 射线晶体衍射以及 NMR 实验结果的处理。【1，2 】现在分子动力学方法已经成了理论生物 学研究中不可缺少的主要方法之一。【3，4 】 真正意义上的分子动力学模拟的过程主要包括如下几个主要的步骤： 1. 模拟体系升温过程（Heating Stage ） 2. 模拟体系平衡过程（Equilibrium Stage ） 3. 模拟体系采样过程（Production Stage ） 4. 分析体系的目标性质（Analysis ） 然而，由于一般的待模拟体系的初始结构或多或少存在一些缺陷（比如，初始结构不完整或 存在不合理的结构区域），我们往往需要对初始结构进行一些预处理才能进行真正的分子动 力学模拟过程。所以，一个完整的分子动力学模拟过程应包括如下几个步骤： 1. 初始结构检查及预处理 2. 给模拟体系赋力场参数 3. 考虑溶液效应 4. 初始结构 Minimization 5. 动力学模拟（包括升温、平衡、采样） 6. 结果分析 由于MD 的发展历史原因，目前常用的分子动力学模拟软件往往都基于Unix （Linux ） 操作系统。实施每一个模拟的步骤都需要使用特定的命令来调用相关的程序对模拟体系进行 处理。同时，模拟者还需要熟知每个参数的意义并定义相关的参数值。最终分析过程也需要 配合其他软件才能完成。这对初级分子动力学模拟者而言，非常困难（模拟者不仅需要掌握 分子动力学软件的使用命令，还需要掌握操作系统相关的命令）。为了解决这样的问题， Discovery Studio 为用户提供了基于窗口的分子动力学模拟工具。使用 DS ，用户可以轻松的 完成分子动力学的整个模拟过程（包括体系的准备、模拟过程的设置及结果的分析）。另外 考虑到初级模拟者在整个模拟流程方面缺少熟悉度，DS 专门设置了一个“Standard Dynamics Cascade ”protocol 。该Protocol 将整个动力学模拟的步骤集合到一个参数设置界面当中，方 便初级模拟者的使用。 为了使大家对 MD 在操作流程有所了解，本教程主要内容包括如下几个方面： 1. 初始模拟结构的准备，力场设置 2. 对结构进行溶剂化处理 3. 标准的分子动力学模拟流程 4. 动力学模拟结果的轨迹分析 以下介绍Discovery Studio 中分子动力学的基本操作方法。 Molecular Dynamics 教程 目的：采用 Discovery Studio ，以一组蛋白-配体复合物为实例，示范分子动力学及结果分析 操作过程。 所需功能和模块：Discovery Studio Visualizer client, CHARMm 和 Simulation protocols。 所需数据文件：1IE9_VDX.dsv。 所需时间： 介绍 本教程中，一组蛋白-配体复合物将进行带束缚动力学模拟，本教程包括： • 准备蛋白-配体复合物 • 选择并定义原子组 • 添加溶剂体系 • 设置束缚部分 • 进行带束缚的分子动力学模拟 • 分析动力学模拟轨迹 • 计算蛋白-配体相互作用能量 准备分子动力学体系，执行分子动力学计算 1. 导入蛋白-配体复合物，并赋予力场参数 双击图标，启动 Discovery Studio ，在文件浏览器（Files Explorer ）找到 1IE9_VDX.dsv 文件， 双击打开，将蛋白-配体复合物导入 3D 窗口。（图 1） 图 1 复合物示意图 在工具浏览器（Tools Explorer ）窗口中，鼠标点击窗口最上方列表框的下拉箭头，选择 Simulation，在工具浏览器窗口中展示分子动力学模拟工具面板组。 从工具面板组中找到 Simulate Structures |