mpich2-1.4-用户指南aozhen版.pdf

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mpich2-1.4-用户指南aozhen版

MPICH2 用户指南 V1.4 数学与计算科学系 阿贡国家实验室 此处略去牛人无数 2011 年6 月16 日 翻译日期:2011/8/23 Aozhen 目录 1 介绍 1 2 MPICH2 入门 1 2.1 默认运行环境 1 2.2 开始并行作业 1 2.3 Fortran 中的命令行2 3 快速开始2 4 编译和链接3 4.1 对C++来说的特殊问题3 4.2 对Fortran 来说的特殊问题3 5 用mpiexec 运行程序4 5.1 标准mpiexec 4 5.2 所有进程管理环境扩展5 5.3 Hydra 进程管理器的mpiexec 扩展5 5.4 SMPD 进程管理器环境扩展5 5.4.1 关于SMPD 的mpiexec 参数5 5.5 gforker 进程管理器环境扩展8 5.5.1 gforker 的mpiexec 参数8 5.6 remshell 进程管理器环境的限制 10 5.7 使用SLURM 和PBS 的MPICH2 11 5.7.1 OSC mpiexec 11 6 调试 11 6.1 TotalView 12 7 检查点 12 8 MPE 13 8.1 MPI 日志(MPI Logging ) 13 8.2 用户定义日志 13 8.3 MPI 检查 15 8.4 MPE 选项 15 9 MPICH2 的其他工具 16 10 Windows 下的MPICH2 16 10.1 目录 16 10.2 编译 17 10.3 运行 17 1 介绍 本手册假定MPICH2 已经安装了。想知道怎么安装请参见MPICH2 Installers Guide 《MPICH2 安装指南》,或 MPICH2 顶级目录下的 README 。本手册介绍如何编译,链接和运行MPI 应用程序,并使用 MPICH2 自带的一些工具。这是初步版,有些部分还没完成。但,这已 经足够让你步入MPICH2 的大门了。 2 MPICH2 入门 MPICH2 是高性能的,便于移植的MPI 标准的实现,旨在实现MPI-1 和MPI-2 (包括动态进程管理,单方面操作,并行I/O 和其他的扩展)。 MPICH2 Installers Guide 提供了一些关于配置和安装MPICH2 方面的信 息。编译、链接和运行MPI 程序的细节在下面会描述。 2.1 默认运行环境 MPICH2 的进程管理和通讯是分开的。默认的运行环境叫做Hydra 。 其他进程管理器也是可以的。 2.2 开始并行作业 MPICH2 实现了 mpiexec 和它所有的标准参数以及其他一些扩展。 mpiexec 的标准参数参见5.1,第5 节的很多小节是关于扩展功能的尤其 是多进程管理系统。 1 2.3 Fortran 中的命令行 MPICH1 (确切的说是MPICH1 的mpirun )需要访问所有应用程序 中的命令行参数,包括Fortran 的。MPICH1 的configure 做了些努力来 找包含iargc 和getarg 的正确版本的库,及链接到MPI 程序的mpif77 脚 本的库。由于MPICH2 不要求访问程序命令行参数,因此这些选项是可 选的,不需要对他们特别配置。如果在应用程序中你需要他们,你必须 保证他们能在你用的Fortran 环境中可用。 3 快速开始 要使用MPICH2 ,就必须知道它的安装位置。我们建议把安装目录 中的bin 子目录加到你的path 中。这样就可以方便的访问MPICH2 的各 种命令来编译、链接、运行你的应用程序。这个目录中的其他命令管理 运行时环境和执行工具。

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