作者NormanR-微生物学系.DOCVIP

主題：生命的分子系統樹改變了我們所看到的 原作者：Norman R. Pace. Professor in the department of molecular, cellular and developmental biology, university of Colorado, boulder. 參考資料呢？是這樣寫的嗎？ The Molecular Tree of Life Changes How We See, Teach Microbial Diversity 除了一些小毛病，大致上符合原意 利用一些專有名詞如：原核生物（科普盡量不要用英文的專有名詞）去解釋演化的歷史或是生命如何組成，我門的教科書和一些運用的辭彙已經嚴重地過時。雖然我們對於微生物的多樣性和演化進步快速，我們的教科書並沒有跟著新的資訊和觀念同一步調前進。一個重要的結果便是對於生命的組成和演化歷史就會過時，特別是這些教科書未能做到辨別procaryote的觀念是錯的，它並沒有按照新的生物學所教導我們，因此，就容易有觀念上的誤導。簡單的說，有關於procaryote的觀念是過時的。 生命的樹 各種生物體之間關係是長久以來生物學家所著迷的。在19世紀中期，像是：charles Darwin、Ernst Haeckel，（這些知名人物都有正式的中文譯名）和其他人根據他們對於已知的知識統編出了複雜的演化樹。儘管如此，因為他們預測各物種之間的關係是依照型態或生長特徵，沒辦法用姳險（這是甚麼？？）的方法去分辨微生物。利用這些準則，如何可以明確的知道植物和動物或細菌之間的關係？ 通常，微生物無法適合早期的生物多樣性（台灣的翻譯）準則。對於微生物我們所之太少，也沒有客觀的方法去分類，讓他們獨立於真核生物外。他們具太少的生理特徵，也只能利用已知的微生物去推導關係，通常是容易誤導的資訊。 這些問題在1960到1970年代被忽略，直到偵測DNA序列的技術發展。比起用生理特徵，利用DNA的序列可以提供客觀的、公制的方法去解釋演化，擴大序列的比較可以觀察出直系同原物種在演化上的距離。因此，利用比較序列的不同可以用來計算物種的演化關係和製出物種的系統樹。 早在1970年代，Carl Woese就把重點放在利用rRNA 來比較物種間的關係，rRNA的量多而且具高度的保留性，已經變成比較物種系統差異的準則。Woese用核酸酶將32P-labeled Rrna切到然後將釋放的核苷酸編輯成目錄，藉此來比較序列。早期的結果證明了細菌之間的關係，引導在1977年發現了archaebacteria，在1990年將其更名為archaea 去強調他和細菌的不同，而且建立了三個物種的分類：archaea, bacteria, and eucaryote。但並非所有的基因序列比較都可以利用rRNA去了解他們的演化關係，像是有些橫向的演化方式便無法利用此方法去判定，因為rRNA並不會有橫向的轉移。除此之外，其他高度保留的基因資訊系統也延著rRNA的系統樹前進，因此，rRNA的系統樹可以代表基因機制的演化流向，這對細胞是無法缺少的事。隨然利用rRNA這類大的分子所致出的系統樹，並不能代表全部物種的物種演化樹，但是卻可以追述出其祖先的演化。例如，隨然我們都知道恐龍滅絕，但是根據基因機制去追述它的演化關係，恐龍卻以鳥的型態活在現代。 進入自然環境中微生物的世界 自環境中所得的菌種超過99%無法培養，而且也沒有顯著的特徵。儘管如此，利用複製和基因序列去辨認微生物，雖然可以越過傳統方法的限制，但通常難在唇培養下去研究，微生物學家想去探索微生物在自然界的組成，得到的結果是持續的拓展我們所了解的微生物多樣性。 利用分子生物技術，rRNA可以從環境樣本中被復製和定序；序列所含的資訊可用來和特定環境中已知的物種序列比較，有些特徵單獨透過分析出現在rRNA，可比較出和具有相同特徵物種的關係。此觀念假說為：在物種發展系統上的代表物種間可能會共有許多特徵。即使環境中的生舞和我們所知的並不會很接近，儘管如此，rRNA序列還是提供明確和標準的設計工具，像是PCR primer和hybridization probes，讓我們對生物體更感興趣。 環境中的rRNA序列資料庫遠遠超過培養的數量，其中當然包含更大的多樣性。基本的archaea, bacteria, eucarya已經被確立，然而各領域的物種發展將會持續被擴充建立。 分子系統樹不斷的擴張 從分子生物所發展而出的系統樹給了一個意義深遠的課題：所以已知的細胞生命都具有相關性而且來自同一祖先。在廣大的生命樹的根的位置，最末的原始祖先形態，不能單單用rRNA的資料所推論出來。儘管如此，其他的物種發展結果，以及生化反應相近的物種，都將根的位置放在細菌的分界上，而代表說arch