LBD转录因子家族的起源与进化.pdfVIP

  Classification code: Q349 University code: 10712 UDC: 573 Postgraduate number: 2010051387 Confidentiality level: Public Thesis for Master’s Degree Northwest A ＆F University in 2013 PHYLOGENESIS OF THE PLANT-SPECIFIC TRANSCRIPTION FACTOR FAMILY LBD Major: Bioinformatics Research field: Genome Mining Name of Postgraduate: Weijing Tang Adviser: Associate Prof., Sanhong Fan Date of submission: December 2013 Yangling Shaanxi China   LBD 转录因子家族的起源与进化 摘要 LBD 基因家族是植物所特有的一类新基因，编码一类包含保守 LOB(lateral organ boundaries)结构域的转录因子，在植物侧生器官的发育和形成过程中发挥重要功能。由 于该家族中第一个被鉴定成员在拟南芥侧生器官基部特异性表达，所以命名为LOB 基 因。以LOB 基因编码的氨基酸序列为探针搜索拟南芥基因组数据库，共发现43 个同源 基因。它们的编码产物中均包含一段由 100 多个氨基酸残基组成的保守区—LOB 结构 域，因而将该基因家族命名为LBD 基因家族，即包含LOB 结构域的基因。LBD 基因 参与根、茎、叶、花冠的起始和生长，并且参与植物的代谢、调节、二次生长等，其功 能对植物的生长非常重要。目前关于LBD 家族转录因子的研究主要集中在新成员的发 现和生物学功能研究，但对其起源、进化及各子类特征分析的研究还有待于深入。 本研究以18 种全基因组测序完成的植物为对象，对每一个物种中的LBD 家族成员 进行系统鉴定，从序列相似性、内含子插入模式、保守基因序列组织模式、系统发育等 方面进行全面分析，试图呈现LBD 家族成员的起源和进化历程，阐明各个子类的结构 特点和潜在功能。获得的主要结果如下： 1.18 种植物中共鉴定出 622 个 LBD 家族基因，其中莱茵衣藻（Chlamydomonas reinhardtii ）和团藻（Volvox carteri) 中不存在 LBD 家族基因，苔藓植物小立碗藓 （Physcomitrella patens ）中包含26 个LBD 家族成员，石松类植物江南卷柏（Selaginella moellendorrffii ）中包含15 个，其它 14 种被子植物分别包含21~72 个LBD 家族成员。 伴随植物从低等到高等不断进化，LBD 家族基因数目呈现从无到有、不断扩增的趋势。 2.使用极大似然法我们将LBD 家族转录因子分为A 、B 、C、D 、E 、F 、G 七个子 类。已有的研究将LBD 蛋白分为ClassI 和ClassII 两大类，本研究所划分的G 亚类对应 于已有分类的ClassII，A 、B 、C、D 、E 和F 六个亚类可看做ClassI 的细化分类。卷柏 中仅有一个B 类成员，而在其它高等植物中有6-20 个B 类成员。高等植物中LBD 成员 参与气生根起始调控，处于生长素信号下游，而卷柏根与高等植物不同，由根托顶端表 皮