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Cazymes对比分析流程 NCBI数据库地址 HYPERLINK / / 以Fibrobacter succinogenes为例。 1.进入NCBI数据库，输入Fibrobacter succinogenes，在Gene下查找 ， 图1 进入下面的界面， 图2 以FSU_2293为例,基因注释为木聚糖酶，点击进去， 图3 发现FSU_2293，属于GH10，有CBM6，将此基因进行统计，见下表。 GH10FSU_2293CBM6BTDxylanasexylanase 若是NCBI上没有显示相关的GH家族或CBM，则可以进行BLAST。点击图3中的“FASTA”，复制相关基因进行BLAST。例如CHU_0868，是糖基转移酶相关的基因，但是没有显示具体的GT家族。 图4 进行BLAST， 图5 点击相关的结构域，进入另一个网页， 图6 可以看到，此基因属于GT1家族。 或是进行Pfam结构域搜索： 网址： HYPERLINK /search /search， 输入相关基因，点击， 图7 可以看到，此基因具有GT1结构域，属于GT1家族。 分别统计glycoside hydrolase（GH）、glycosyl transferase(GT)、?polysaccharide lyase(PL)、carbohydrate Esterase(CE)。对于glycoside hydrolase可以统计与纤维素降解和半纤维素降解相关的基因。格式见下表。 注意：表中标红的列为必填项目，“Characterized Activity”为图2中的“Descriprition”。 CAZy FamilyMYP LocusCBM FamilyIn Silico PredictionCharacterized ActivityGH(74)GHMYP_0567hypothetical proteinGHMYP_0581hypothetical proteinGHMYP_0913hypothetical proteinGHMYP_1026hypothetical proteinGHMYP_1096hypothetical proteinGHMYP_3811endoglucanaseendoglucanaseGHMYP_4017xyloglucanasexyloglucanaseGHMYP_4345CBM9beta-xylosidase/endoglucanasebeta-xylosidase/endoglucanaseGHMYP_4348CBM4_9glycerol kinaseglycerol kinaseGH1MYP_2015beta-galactosidasebeta-galactosidaseGH2MYP_3616beta-mannosidasebeta-mannosidaseGH3MYP_0984b-glucosidaseb-glucosidaseGH3MYP_1602hypothetical proteinGH3MYP_1909b-glucosidaseb-glucosidaseGH3MYP_2588xylosidase/arabinosidasexylosidase/arabinosidaseGH3MYP_3067glycoside hydrolaseGH3MYP_4245xylosidase/arabinosidasexylosidase/arabinosidaseGH3MYP_4961b-N-acetylglucosaminidaseGH5MYP_0458endoglucanaseEndoglucanaseGH5MYP_2390endoglucanaseendoglucanaseGH5MYP_1753beta-glycosidasebeta-glycosidaseGH5MYP_2157endo-1,4-beta-mannosidaseendo-1,4-beta-mannosidaseGH5MYP_2462beta-glycosidasebeta-glycosidaseGH5MYP_2666endoglucanaseendoglucanaseGH5MYP_3206endo-1,4-beta-mannosidaseendo-1,4-beta-mannosidaseGH5MYP_3455