gromacs在神威蓝光超级计算机上的部署及应用 deployment and application of gromacs on the sunway bluelight supercomputer.pdfVIP

科研信息化技术与应用 2 0 1 3 , 4 ( 1 ) : 7 4 – 8 0 APPLICATION ·应用 /  · Gromacs 在神威蓝光超级计算机上的 部署及应用 1,2 1,2 1,2 朱效民 ，尚远 ，王利 1 山东省计算中心，山东 济南，250014 2 国家超级计算济南中心，山东 济南，250101 摘 要： Gromacs 是一个大型的分子动力学模拟软件。国家超算济南中心拥有两套高性能计算系统，分别 为基于 Intel CPU 构建的高性能计算集群 (理论峰值超过 100T) ，以及基于国产 SW1600 CPU 构建 的 MPP 超级计算系统 (理论峰值超过 1P) 。本文介绍了 Gromacs 软件包在两个高性能计算平台的移 植、部署，并以生物