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XML在化学数据库中的应用 罗操操许禄 (中国科学院长春应用化学研究所，长春130022) 摘要讨论了XML在化学数据库中的分子结构式显示方面的应用．数据库中存 储分子的结构信息，在检索时动态生成分子结构式图．图形格式为SVG．SVG是 一种矢量图形格式，又是一种基于XML的置标语言．用SVG可以动态创建分子 结构式图形，而且文件是文本文件，体积小，易于编辑和信息交换．文中给出 了从数据库中提取数据，动态生成分子结构式图形的方法． ， Vector 关键词XML(eXtensible Graphics)，分子结构式 MarkupLanguage)．SVG(Scalable 在Internet上，有各种各样的化学信息数据库，它们为信息共享提供了便利条件．但由 于数据库系统之间的差别．给信息交换带来了不少麻烦．而以XML(eXtensibleMarkup Language)[1,21作为一种交流媒介。可以很好的解决这个问题． 在化学信息中，化合物结构是最重要的信息之一．对于涉及化合物结构的化学信息数 据库，一个首要的问题就是分子结构式在数据库中的存储与表达．在当前一些数据库中， 分子结构式多以文件方式存储和以二进制大对象方式存储．由于存储方式的差别，给信息 Vector 交换带来诸多不便．SVG(Sealable 矢量图形和矢量，点阵混合图形的置标语言，为分子结构式的显示，提供了新的方法． 一、XML与数据库 XML是一种置标语言，是国际标准化组织推荐的第二代网页发布语言。既有很多优点． 其中一点便是允许你根据各种不同的规则来制定标记，使内容与格式分离．也就是说XML 允许为特定的应用制定特殊的数据格式。非常适合于在两个不同的系统之间传送结构化数 据．目前数据库技术已经相当成熟，管理功能非常强大．但是以往的数据库应用，基本上都 应用程序是针对具体的数据结构，其应用范畴受到一定限制，开放性较差．而XML非常适 用于不同应用问的数据交换．而且这种交换是不以预先规定一组数据结构定义为前提，因 此具备很强的开放性。具有广阔的应用前景．嗍 具体到我们的应用中，就是从数据库中提取信息，动态生成XML页面，然后加以样 式化并发送到客户端浏览器，实现了分子结构式的动态显示． 二、分子结构式存储格式的选择”】 分子结构式的的存储格式有图形格式，如gif,JPg，bmp．还有各化学软件厂商制定的结 bmp等图形格式相比，这种方式显示的结构式是动态的。可以对分子式进行旋转，平移，缩 放等操作． ·140· SVG，全称是可扩展矢量图形规范，也可以用来显示分子结构式．其标准由W3C组 织在2001年9月制定．它是一种矢量图形格式，同时它又是一种基于XML的语言。也就 意味着它继承了XML的跨平台性和可扩展性．SVG的语法类似于I舢，，很容易掌握．它 的语法和格式也是结构化的所谓结构化，也就是文件中的对象通过特定的元素标签定义， 任何元素都可以作为对象进行管理；文件是框架式的，掌握基本的文件框架，就可以阅 读、编辑和创作自己的文件． 式，SVG文件的大小不到普通的图形格式文件的十分之一，这对涉及分子结构式显示的大 型数据库来说非常重要．它同时也是xml文件，可以用文本方式打开，易于编辑和信息的 交换，可以很方便的得到图形的各种信息；SVG是一种矢量图形格式，可以任意放缩．而 不影响图形质量．SVG的绘图可以通过动态和交互式方式进行；SVG具有设计完善的 DOM(文档对象模型)接口，使各种编程语言和脚本语言可以方便地对它的每一个元素进行 交互程序，比如将某个图形元素移动或变换，或者根据数据生成图形I71，这使得无论在显 v 示效果还是动态交互上都强于结构式格式显示的分子式．而且S G标准是由众多厂商和 W3C(WorldWideWeb Nets