松浦红镜鲤保种群体结构研究-6.docVIP

松浦红镜鲤保种群体遗传结构研究 1 材料与方法 1.1材料 松浦红镜鲤91尾，采自黑龙江水产研究所松浦实验站。样品均剪取鳍条，放入盛有75%酒精的1.5m离心管中，带回实验室放入-20冰箱保存。 1.2.1 DNA提取和引物来源 采用酚-氯仿方法[]提取基因组DNA，经琼脂糖凝胶（胶浓度1%）电泳和紫外分光光度法检测其纯度和浓度，稀释成50ng/μL浓度作为PCR扩增的模板。微卫星引物查阅相关文献[][][]，由上海博尚生物技术有限公司合成。 1.2.2 PCR扩增 PCR反应体系25μL，模板DNA3050 ng，2 ×Es Tag Master Mix12.5μL（康为世纪生物公司，产品号CW0690）上、下游引物各μL（10μmo l/μL反应条件为：95 预变性5 min；94 变性30 s，退火30 s，72延伸30 s，2个循环；72延伸min，4。 1.2.3 PCR 产物用8.0%的非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离。电泳结束后，用硝酸银染色后拍照记录电泳结果。 1.2.4 数据分析 利用PopGene( Version 3.2)[]软件分别对观测等位基因数( Observed number of alleles，A) 、有效等位基因数( Effective number of alleles，Ae) 、等位基因频率( Allele frequency) 、观测杂合度( Observed heterozygosity，Ho) 、期望杂合度( Expected heterozygosity，He) 、连锁不平衡等遗传变异参数进行统计。使用 Genepop version 4.0[]软件利用 Markov chain 法进行 Hardy-Weinberg 平衡检验( P，哈迪-温伯格平衡检验概率) ，并对偏离平衡位点进行杂合过度与缺失分析。应用 NeEstimator version 1.3[]软件根据基因型连锁不平衡原理进行有效群体大小估算。应用Bottleneck version 1.2.02 软件[]，分析杂合过剩是否显著。应用 phylip软件[]进行个体间遗传距离计算，MEGA4.0[]软件构建个体聚类图。 2．结果 2.1 微卫星扩增结果和遗传多样性 实验选取的35个微卫星标记在松浦红镜鲤群体中均扩增出了具有特异性的清晰条带，图1为位点HLJ 711(A)、HLJ1144(B)和MFW7(C)部分电泳结果。群体的遗传变异参数如表1，经统计分析所有微卫星座位共检测到140个等位基因，每个标记检测到的等位基因数为3～6个，平均等位基因数为4；有效等位基因数为1.5948～4.5701，平均值为3.0426；观测杂合度范围为0.3956～0.8571，平均值值为0.6625；期望杂合度范围为0.375～0.8274，平均值为0.6493；多态信息含量范围为0.396～0.912，平均值为0.5869，其中中度多态(0.25≤PIC≤0.5)7个，高度多态(PIC≥0.5)28个。在等位基因分布上，等位基因频率在0.0275~0.7692之间，主要分布于 0.0～0.3，等位基因频率分布属于非“L”形状( 图 2) 。 图1 位点HLJ711(A)、HLJ1144(B)和MFW7(C)部分扩增的结果 Fig．1 amplified result of HLJ711、HLJ1144 and MFW7 图2 松浦红镜鲤等位基因平率分布 Fig． 2 Allele frequency distribution of song pu red mirror carp 表 1 35 个微卫星遗传标记基因位点的统计信息 Tab． 2 The statistical information of 35microsatellite loci locus A Ae Ho He p PIC FIS HLJ338 6 3.3828 0.5934 0.7083 0.0066 0.5930 0.1576 HLJ360 3 2.1031 0.6264 0.5274 0.1382 0.6260 -0.1942 HLJ392 4 2.6631 0.7912 0.6280 0.0017 0.7910 -0.2669 HLJ429 4 2.5437 0.6264 0.6102 0.0001 0.6260 -0.0321 HLJ517 4 2.6786 0.7802 0.6301 0.0218 0.7800 -0.2450 HLJ526 4 3.7386 0.8242 0.7366 0.1496 0.8240 -0.1251 HLJ546 3 2.9885 0.6484 0.6691 0.8410 0.6480 0.0256 HLJ