基于关键节点子团的乳腺癌候选疾病模块挖掘算法-东南大学学报.pdfVIP

第 卷第 期 东南大学学报 自然科 学版 年 月 基于关键节点子团的乳腺癌候选疾病模块挖掘算法 王一斌 程咏梅 张绍武 西北工业大学信息融合技术教育部重点实验室 西安 摘要 为解决乳腺癌疾病模块挖掘方法中基因表达谱样本数量少数据不完整存在噪声和偏差 的问题提出了一种基于关键节点子团和局部适应度的候选疾病模块挖掘算法算 法该算法首先将候选基因与致病基因间的重叠相似性得分和功能相似性得分进行融合通过比 较融合得分与阈值筛选出关键节点并构建关键节点子团然后基于局部适应度及不同节点对 应的不同判定标准扩展挖掘候选疾病模块最后根据富集分析结果确定候选疾病基因模块实 验结果表明与现有其他乳腺癌模块挖掘算法相比中关键节点选择算法所得平均排名 较小曲线下面积较大算法挖掘出 个具有较显著生物意义的乳腺癌候选疾病模块 此外算法还可扩展至其他疾病候选模块 关键词 乳腺癌疾病模块挖掘候选基因打分关键节点子团局部适应度 中图分类号 文献标志码 文章编号 收稿日期 作者简介 王一斌 男博士生张绍武联系人 男博士教授博士生导师 基金项目 国家自然科学基金资助项目 国家自然科学基金青年基金资助项目 互联网金融创 新及监管四川省协同创新中心资助项目 引用本文 王一斌程咏梅张绍武基于关键节点子团的乳腺癌候选疾病模块挖掘算法东南大学学报 自然科学版 东南大学学报 自然科学版 第 卷 癌症是一种细胞失控增长的复杂多发疾病在 利用致病基因集和表型相似性数据集构造候 全世界范围内已成为一个重要的公共健康问 选基因集首先将一个致病基因相对应的表型 编号映射到表型相似性得分矩阵中并将该 题 在各类型癌症中乳腺癌是全球女性最常见 的恶性肿瘤世界上绝大多数国家在过去 年中 表型与其他所有表型的相似性得分平均值作为阈 值然后挑选相似性得分大于此阈值的其他表型 发病率都持续增长 以统计生化试验的方法来 寻求疾病分子靶点进行治疗虽然取得了一定的成 作为候选表型并在 中找到候选表型所对 果但大都以特定的基因目标为试验对象因而所 应的基因最后对候选表型所涉及的每一个基因 得结果有限且需消耗大量时间和人力物力 进行连锁间隔长度为 的关联查询构建候选基 通过生物网络挖掘疾病功能模块不仅能为分