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生物信息学简概及教程（经典） 来源：互联网 作者：未知 发布时间：2006-08-23 一、数据库??注：Display中选FASTA形式，显示原始的核苷酸数据，便于复制。（2）dbEST EST来源于mRNA－基因片度（300-400bp，数据长度足以分析编码的产物）或者全基因（已知）－5’端或3’端的cDNA序列（EST）－300-400bp single-pass sequence （可能有误，如果要求0.1%的错误率，需要测序8-10次）－GenBank中71%以上的是EST序列。/dbEST/index.html （3）UniGene 来源于同一基因的非重复EST，组成基因序列群（contig）注：不同实验室各自采用poly（T）15法和随机引物合成的cDNA（不完整），不同的cDNA的加工、拼接，形成重叠群（Contig） /UniGene/ （4）dbSTS （sequence tagged sites）a.短序列（200-500bp） b.已完成染色体上的定位 c.可以与电子PCR相连用 /dbSTS/index.html （5）dbGSS （genome survey sequence）a.基因组短序列 b. cosmid、BAC、YAC外源插入片断末端序列 c. Alu PCR 序列 /dbGSS/index.html （6）HTG （high-throughput genome sequence）尚未完成测序的重叠群（2kb） 更新快！！！/HTGS/ （7）dbSNP 每100-300bp有一个SNP/SNP/ （8）EMBL http://www.ebi.ac.uk/embl/ （9）DDBJhttp://www.ddbj.nig.ac.jp/ （10）EPD （Eukaryotic Promoter Database） 启动子数据库http://www.genome.jp/dbget/dbget2.html 2．蛋白质数据库 （1）SWISS-PROT /sprot/有详细的注释序列；与44个数据库相互参照（cross-reference）(2)TrEMBL (translation of EMBL) (3)PIR (Promoter information resource) /pir/ 表明了结构域 （4）PRF （Promoter research foundation）http://www4.prf.or.jp/ （5）PDBSTR （Re-organized Protein data Bank）/sprot/prosite.html 蛋白质的二级结构、α-碳位置 （6）Prosite 蛋白质家族、结构域/prosite/3．结构数据库（1）PDB (Protein Data Bank) /pdb/ (2) NDB (Nucleic Acid Database) /NDB/ndb.html (3)DNA-bind Protein database/NDB/structure-finder/protein/index.html （4）swiss-3D IMAGEhttp://www.expasy.ch/sw3d/ 4．酶和代谢数据库（1）KEGG （Kyoto Eneyclopedin of genes genemes）http://www.genome.ad.jp/kegg/ (2)PKR (Protein Kinase Resource)/kinases 5．文献数据库（1）PubMed /PubMed/ （2）OMIM /Omim （3）Agricola / 农业相关的文献 6．提交数据GenBankBankIt提交网上直接提交，立即得到临时编号（1周内提供Aceesion No.） SequIn提交 下载软件填写表格，自动确定CDS、ORF和查找重复序列、查载体序列 用Update功能修改二、检索数据库的方法1、用关键词或词组进行的数据库检索 Text-based database searching2、用和甘肃或蛋白质序列进行的数据库检索 Sequence-based database searching 关键词：名词；描述性词、词组；Accession number 体系：Entrz；Sequence retrieval system (SRS)；Integrated database retrieval system (DBGET)检索须知 1、连接词：AND