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学习SNP浅谈 SNP的概念 单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）， 主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。 它是人类可遗传的变异中最常见的一种，占所有已知多态性的90%以上。SNP在人类基因组中广泛存在，平均每500～1000个碱基对中就有1个，估计其总数可达300万个甚至更多。 1、它是人类可遗传的变异中最常见的一种，占所有已知多态性的90%以上。SNP在人类基因组中广泛存在，平均每500～1000个碱基对中就有1个，估计其总数可达300万个甚至更多。 SNP的特点 2、SNP所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异，也就是通常说的基因的点突变，这种变异可由单个碱基的转换（transition）或颠换（transversion）所引起，也可由碱基的插入或缺失所致。但通常所说的SNP并不包括后两种情况。 理论上讲，SNP既可能是二等位多态性，也可能是3个或4个等位多态性，但实际上，后两者非常少见，几乎可以忽略。因此，通常所说的SNP都是二等位多态性的。这种变异可能是转换（C T，在其互补链上则为G A），也可能是颠换（C A，G T，C G，A T）。 转换的发生率总是明显高于其它几种变异，具有转换型变异的SNP约占2/3，其它几种变异的发生几率相似。转换的几率之所以高，可能是因为CpG二核苷酸上的胞嘧啶残基是人类基因组中最易发生突变的位点，其中大多数是甲基化的，可自发地脱去氨基而形成胸腺嘧啶。 3、在基因组DNA中，任何碱基均有可能发生变异，因此SNP既有可能在基因序列内，也有可能在基因以外的非编码序列上。总的来说，位于编码区内的SNP（coding SNP,cSNP）比较少，因为在外显子内，其变异率仅及周围序列的1/5.但它在遗传性疾病研究中却具有重要意义，因此cSNP的研究更受关注。 从对生物的遗传性状的影响上来看，cSNP又可分为2种： 一种是同义cSNP（synonymous cSNP），即SNP所致的编码序列的改变并不影响其所翻译的蛋白质的氨基酸序列，突变碱基与未突变碱基的含义相同； 另一种是非同义cSNP（non-synonymous cSNP），指碱基序列的改变可使以其为蓝本翻译的蛋白质序列发生改变，从而影响了蛋白质的功能。这种改变常是导致生物性状改变的直接原因。cSNP中约有一半为非同义cSNP。 通过以上SNP的特点可以看出研究SNP的重要性如下： 1、单核苷酸多型标记（SNP marker）会出现在蛋白质的编码基因（genetic codes）上，其可改变蛋白质的结构和功能，使个人体质倾向于“易患上某种疾病”或改变个人“对某些药物的反应”。SNP也可能出现在基因的非编码区，操控基因的表达（gene expression）； SNP的重要性 2、从演化的观点来看，SNP具有相当程度的稳定性，即使经过代代相传，SNP所引起的改变却不大，因此可用以研究族群演化； 3、SNP決定著群体和个体基因序列的细微差別，科学家将可凭此找到疾病的易感基因，并使个体化医疗成为可能。先前的研究证实，人类的大部分疾病，如三分之二的肿瘤可以被预防；而通过基因易感性分析，我们便能够确定特定疾病的好发性人群，以对该群人进行生活或饮食方式的干预、促进其健康。这些研究将会为全人类的疾病预防产生巨大贡献。此外，通过对药物代谢相关基因的ＳＮＰ研究，还能够阐明不同患者间药物代谢及药效差別的遗传基础，可根据不同患者遗传背景，來优化治疗方案。 ? SNP的应用 1、寻找致病基因 个体间的基因差异主要在于SNP，遗传疾病中已发现SNP的例子，如镰刀形细胞贫血症、晚期突发老年性痴呆等。但必須注意的是，并非所有的SNP都有临床意义。 2、诊断及预测致病风险： 凭借对致病基因的了解和认识，可进行比对，更正确地诊断与预测潜在的或遗传性疾病。 3、药物基因体学及新药的发现： 临床治疗实践清楚地表明，药物的有效剂量有著极大的个体差异，可以视为一种基因的表型。药物目标的基因变化，会改变药物与目标蛋白间的相互作用；负责运输药物的蛋白其基因变化，会影响药物的吸收、运送和排出；药物代谢酶的基因变化，会改变药物的代谢；DNA修复酶的基因变化，则可改变药物的安全性。利用SNP发现有的基因诊断体系接轨，能加速体验医学从表型诊断转向基因型诊断，并预防药物副作用，提高疗效。此外，对于药物效果也可有进一步的认识，甚至可以预测用药结果，减少药物误用或滥用的情況。 4、生物晶片快速检测： 目前DNA微阵列或基因晶片要进行大量的SNP筛选已可自动化，并可用于亲子鉴定及最有效、准确的身分识别（ID）。 4、研究族群演化： SNP具有相当程度的稳定性，即使经过代代相传，SNP所引起的改变却不大，可用来研究族群演化