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基于高通量测序的瑞香狼毒转录组数据分析 杨艳芳 刘洪伟 邱德有 中国林业科学研究院林业研究所林木遗传育种国家重点实验室国家林业局林木培育重点实验室 河北省科学院生物研究所河北省主要农作物病害微生物控制工程技术研究中心 X 关注成功！ 加关注后您将方便地在 我的关注中得到本文献的被引频次变化的通知！ 新浪微博 腾讯微博 人人网 开心网 豆瓣网 网易微博 摘????要： 目的 获得瑞香狼毒Stellera chamaejasme转录组数据库代谢途径基因序列、SSR以及转座子等信息。方法 以瑞香狼毒根作为受试材料, 采用二代测序方法中的Illumina Hi Seq 2000进行转录组测序, 并进行系统的生物信息学分析。结果 共获得26 785 872个Clean reads片段, 拼接得到47 053条Unigenes, 平均长度为419 nt。将拼装所得到的Unigene序列利用BLAST工具分别与Nr、Swiss-Prot、KEGG、COG和GO数据库进行比对, 分别有11 138和24 744条Unigene在Nr和Swiss-Prot数据库中比对得到了注释信息, 可归于36个GO分类, 涉及119个KEGG标准代谢通路, 进一步分析发现15条萜类生物合成途径的关键酶基因。利用MISA软件发现3 480个SSR, 数量最高的SSR类型为单碱基重复, 为1 986条, 出现频率为57.07%, 最少的是六碱基重复SSR, 只有5条, 出现频率仅为0.14%。利用Repeat Masker在线工具针对瑞香狼毒转录组序列进行转座子预测分析, 结果共发现有1 497条转座子, 其中E值1×10-5的序列有827条, 包含22种类型转座子, 数目最多的为LINE/L1类型 (405条) , 占比为48.97%, 占比最少的为DNA/Ginger、DNA/h AT、DNA/PIF-ISL2EU和LINE/Jockey以及LTR/Lenti类型分别只有1条。结论 对瑞香狼毒进行高通量测序, 获得了大量基因序列信息以及SSR和转座子信息, 为今后分离克隆瑞香狼毒中佛波酯等有效成分生物合成的关键酶基因以及开展相关分子机制研究提供了数据资源和理论基础。 关键词： 瑞香狼毒; 转录组; 萜类; 佛波酯; 代谢通路; 作者简介：杨艳芳 (1978—) , 女, 副研究员, 研究方向为林木次生代谢。Tel: (010)-mail:echoyyf@ 作者简介：邱德有, 男, 研究员, 博士生导师, 主要从事植物次生代谢研究。Tel: (010)-mail:qiudy@ 收稿日期：2017-07-18 基金：中央级公益性科研院所基本科研业务费专项 (CAFYBB2014QB001) Transcriptome characterization of Stellera chamaejasme with Illumina sequencing technology YANG Yan-fang LIU Hong-wei QIU De-you Research Institute of Forestry, Chinese Academy of Forestry, State Key Laboratory of Tree Genetics and Breeding, Key Laboratory of Tree Breeding and Cultivation of State Forestry Administration; Biology Institute, Hebei Academy of Sciences, Hebei Engineering and Technology Center of Microbiological Control on Main Crop Disease; Abstract： Objective To obtain the transcriptome database and gene sequence, SSR as well as transposon information of Stellera chamaejasme. Methods Using the high-throughput sequencing platform (Illumina Hi Seq 2000) , a root transcriptome dataset of S. chamaejasme was obtained, and the sequencing results were analyzed with the bioinformatic way. Results