Entrez是NCBI着名的用于提取序列信息的工具.ppt

生物信息学 第三章 生物信息学网络资源 NCBI简介(专题) Entrez系统 NCBI综合数据库 美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information，简称NCBI）创建于1988年 。 1991年，NCBI开发了Entrez数据库查询系统，用于对GenBank等分子生物学和生物医学文献摘要(Medline)等数据库的查询 (Schuler et al, 1996)。 Entrez系统的使用方法 NCBI分子数据子库 GenBank分类码 database query VS search 1. database query=数据库查询：是指对序列、结构、各种注释信息进行关键词匹配查找 （interleukin 18）;(3f62)=PDB; Q14116 (IL18_HUMAN)=EBI/UNIPRO; RefSeq= NP_001230140.1; NM_001243211.1; NP_001553.1; NM_001562.3; Unigene= Hs.83077. Gene ID: 3606, 2. database search=数据库搜索，检索：是指通过特定的序列相似性比对算法找出数据库中与检测序列具有一定程度相似性的序列。 练习 利用Enterz查找human CCL18基因的核酸\蛋白质RefSeq序列，保存为FASTA格式，记录RefSeq的Accession numbers。 NCBI 美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information, NCBI） NCBI成立于1988年，其主要工作是开发以GenBank为代表的数据库，进行计算生物学研究，开发用于分析基因组数据的软件工具，发布生物医学信息。 Entrez是NCBI著名的用于提取序列信息的工具，它将科学文献、DNA和蛋白质序列数据库、蛋白质三维结构数据、种群研究数据以及全基因组组装数据整合成一个高度集成的系统。类似于EBI的SRS.是一个查询、提取和显示系统。 The original version(1991) of Entrez had just 3 nods,now grown to nearly 20 nods Data base http://www.ebi.ac.uk// http://www.nig.ac.jp/english/ 1.熟悉NCBI- GenBank Entrez检索体系 2. 熟悉SRS (EBI-EMBL) 检索体系。 UniProtKB, ensembl, AraayExp,PDBe,BLAST+,PMC-E 3. 熟悉DBGET (NIG-DDBJ ) 检索体系。 完 练习 在PubMed中搜索human CCL18基因研究的报道（2000年以后）,列出检索到的篇目，并试图找到一至两篇全文。 作业 利用Enterz查找human CCL18，human cxcl1基因的核酸\蛋白质RefSeq序列，保存为FASTA格式，记录从GeneBank获得的序列信息。 在PubMed中搜索human CCL18基因研究的报道（2000年以后）,列出检索到的篇目，并试图找到一至两篇全文。 OMIM is… Online Mendelian Inheritance in Man catalog of human genes and genetic disorders edited by Dr. Victor McKusick, others at JHU Books is… searchable resource of on-line books TaxBrowser is… browser for the major divisions of living organisms (archaea, bacteria, eukaryota, viruses) taxonomy information such as genetic codes molecular data on extinct organisms Structure site includes… Molecular Modelling Database (MMDB) biopolymer structures obtained from the Protein Data Bank (PDB) Cn3D (a 3D-structure viewer) vector alignment search tool (VAST)