草鱼抗病育种的思考和实践.ppt

IFN- α变化 IL-1β变化 IL-1β在病毒感染前后变化规律性不强，但是感染前赤眼鳟和正、反杂交F1含量都比普通草鱼高，病毒感染96 h，除草鱼含量下降外，其余3种鱼含量都呈上升趋势 三、草鱼与赤眼鳟miRNA转录组的比较研究 采用第二代高通量测序技术与生物信息学相结合的方法，选择对GCRV病毒抗性差异较大的草鱼和赤眼鳟作为比较研究对象，对同时感染GCRV-HZ08后的两样本进行miRNA测序，通过对品种间差异显著的miRNAs进行分析，筛选与出血病相关miRNAs及其靶基因的信号通路，揭示草鱼出血病相关的miRNA的分子调控机制，从遗传角度寻找草鱼出血病的遗传机理，为草鱼与赤眼鳟的抗病杂交育种提供理论依据。 组别 鱼种 处理方法 重复数 对照组 健康草鱼 腹腔注射0.6%鱼用生理盐水 3*30尾 健康赤眼鳟 同上 3*30尾 实验组 攻毒草鱼 腹腔注射107TCLD50/ml 0.5ml/尾HZ08标准毒株（剂量参考实验室预实验结果及张奇亚的攻毒剂量。 3*30尾 攻毒赤眼鳟 同上 3*30尾 表1 实验设计与分组Table 1 Experiment design and group 攻毒后出现明显出血病症状时，分别取4组鱼的胸腺、头肾、中肾、鳃、肝脏、脾脏、肌肉7个组织，每组取3尾鱼，液氮速冻后存于-80℃分开保存样品，作为miRNA测序分析的实验样品。 表2 草鱼测序数据分布表 Table.2 Sequencing data distribution of cid 文库lib 数据类型 type 总数 Total 占总数百分比 % of Total Uniq序列数目 uniq 占Uniq百分比 % of uniq 原始读数Raw reads NA 14,398,572 100.00 508,081 100 3’接头序列3ADTlength filter Sequence type 4,589,120 31.87 341,205 67.16 垃圾序列Junk reads Sequence type 12,505 0.09 1,389 0.27 Rfam RNA class 961,708 6.68 12,062 2.37 Repeats RNA class 495 0.00 46 0.01 valid reads Sequence type 8,834,873 61.36 153,388 30.19 rRNA RNA class 799,560 5.55 7,316 0.05 tRNA RNA class 79,674 0.55 2,487 0.02 snoRNA RNA class 6,028 0.04 406 0 snRNA RNA class 45,547 0.32 588 0 other Rfam RNA RNA class 30,899 0.21 1,265 0.01 表3 赤眼鳟测序数据分布表Table.3 Sequencing data distribution of scu 文库lib 数据类型 type 总数 Total 占总数百分比 % of Total Uniq序列数目uniq 占Uniq百分比 % of uniq 原始读数Raw reads NA 12,106,179 100.00 554,536 100.00 3’接头序列3ADTlength filter Sequence type 2,462,367 20.34 310,657 56.02 垃圾序列Junk reads Sequence type 2,798 0.02 1,341 0.24 Rfam RNA class 258,763 2.14 23,813 4.29 Repeats RNA class 397 0.00 147 0.03 valid reads Sequence type 9,381,928 77.50 218,619 39.42 rRNA RNA class 196,967 1.63 13,542 0.11 tRNA RNA class 29,530 0.24 5,153 0.04 snoRNA RNA class 2,389 0.02 1,010 0.01 snRNA RNA class 12,778 0.11 1,146 0.01 other Rfam RNA RNA class 17,099 0.14 2,962 0.02 草鱼和赤眼鳟两两间共表达的miRNA为584个，草鱼差异表达的为344个，赤眼鳟差异表达的为208个。 检出的miRNA维恩图 对差异表达的miRNA进行卡方（2×2）和fisher精确检验方法筛选差异显著性基因，分别采用筛选阈值P0.1、P0.05以及P0.01进行差异分析。红色代表