§2.数据可靠性评估——样本重复性的判断练习二数据可靠性评估——样本重复性判断.pptxVIP

样本重复性判断目录数据评估问题原因分析数据修正小组讨论在这几天的学习中，我们评估一份RNA-seq数据是否合理，会有几种方法；个人实操请修改两个脚本，绘制重复性散点图、PCA图，对样本进行评估聚类结果说明说明问题？注意样本的重复性。预期输出的图片相关性散点图B组A组参考脚本：replicate.new.r备注：在已有散点脚本的基础上，加入了相关系数的计算小组讨论哪些样本有问题；问题的潜在原因是什么？目录数据评估问题原因分析数据修正提示注意PCA图的聚类方式；注意散点图中的点分布，并打开表达量数据的表（建议使用excel打开），查找原因。目录数据评估问题原因分析数据修正修正并重新评估将问题数据修正，重新画图，会看到什么现象；小结异常数值点对聚类或重复性的影响。异常高表达的基因可能为：未去除干净的核糖体RNA、外源污染、一些特异的基因等，可以将其剔除以消除影响；谢谢大家！谢 谢PCA、散点图1）样本全局表达不稳定，一般是实验误差导致；2）样本局部基因表达不稳定，例如超高表达基因的差异、污染等；