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授课教师：李学荣 教授 医学科技楼北1202室 电话：8733-1918 E-mail: xuerong2@ 分子进化树的构建 ClustalX和Phylip软件相结合构建进化树 SNPs数据库使用 1. 如何利用基因来查找SNPs 2. 如何利用Marker来查找SNPs 3. 如何运用HapMap数据库来查找SNPs 3. 打开ClustalX程序 开始菜单－程序－clustalX2- clustalX2 4. 载入序列 点最上方的File菜单，选择Load Sequence-选择刚保存的序列文件DNA8.txt，点打开。 5. 更改输出格式 点File进入Save sequence as，在format 框中选PHYLIP，文件在Phylip软件目录下以DNA8.phy存在，点击OK。 将Phylip软件目录下的DNA8.phy文件拷贝到Phylip软件集的EXE文件夹中。记事本方式打开的DNA8.phy文件。 将outtree文件名改为intree，点击DRAWTREE程序，输入font1文件名，作为参数。输Y确认参数。程序开始运行，并出现Tree Preview图。 点击DRAWGRAM程序，输入font1文件名，作为参数。输Y确认参数。程序开始运行，并出现Tree Preview图。 将EXE文件夹中的outfile文件名改为outfile1，以避免被新生成的outfile 文件覆盖。点击CONSENSE程序。输入Y确认设置。EXE文件夹中新生成outfile和outtree。 9. 将EXE文件夹中的intree文件名改为intree1，将outtree改intree。点击DRAWTREE程序，输入font1文件名，作为参数。输Y确认参数。程序开始运行，并出现Tree Preview图。 10. 点击DRAWGRAM程序，输入font1文件名，作为参数。输Y确认参数。程序开始运行，并出现Tree Preview图。 分子进化树的构建 ClustalX和Phylip软件相结合构建进化树 SNPs数据库使用 1. 如何利用基因来查找SNPs 2. 如何利用Marker来查找SNPs 3. 如何运用HapMap数据库来查找SNPs 1. 进入Hapmap网站。依次：Data/Generic Genome Browser(数据/通用基因组浏览器)。输入要查询的基因名称，如xrcc1，在右面选择“显示 SNP genotype data”, 点击配置。 在方块上点击右键，可看到连锁的具体信息。点击“tagger”，可以进一步选择标签snp。r2指的是两个位点间的统计学关联。一般认为两点间的r2大于或等于0.8，就可以用一个点代表另外一个点。 点击“Run Tagger”,即可出现符合条件的tagger snp（标签snp）。 第三步： 任意点击一个SNP，比如rsXXXXXXXXX，即可获得该位点的详细数据 第四步： 在GeneView栏目下，选择 即可获得该基因上所有SNPs的数据 第五步：挑选出需要研究的SNP位点 SNPs数据库使用 如何利用基因来查找SNPs？ 2. 如何利用Marker来查找SNPs？ 3. 如何运用HapMap数据库来查找SNPs？ HapMap是人类基因组中常见遗传多态位点的目录，它描述了这些变异的形式、在DNA上存在的位置、在同一群体内部和不同人群间的分布状况。 HapMap计划不是用来建立特定的遗传变异与某一疾病之间的联系。 HapMap计划是为研究者提供相关信息，使之能够将遗传多态位点和特定疾病风险联系起来，从而为预防、诊断和治疗疾病提供新的方法。 HapMap数据库 3. HapMap数据库运用 第一步： 输入/，进入数据库主页 第二步：点击Data进入数据库浏览页 第三步：点击Generic Genome Browser ，进入数据浏览和下载网页 3. HapMap数据库运用 第一步： 输入/，进入数据库主页 第二步：点击Data进入数据库浏览页 第三步：点击Generic Genome Browser ，进入数据浏览和下载网页 第四步：在查询窗中输入基因名或染色体区域，在数据窗选择数据来源库，在保存、查询和其他选择窗中挑选Download SNP genotype data 或tag SNP data来分别获取相应的数据。 第五步：点击配置，设定参数来获得在CHB（中国汉族人群）群体中的SNP genotype data 或tag SNP data 第六步：选择CHB, rs, Sav