Str的andNGS要点总结.pptx

StrandNGS要点整理上海康昱盛信息科技有限公司基因组学部门Day 1 –第二节Email： mailto:lwang@lwang@/marketing@电话：021819地址：上海市沪松公路1399弄68号来伊份大厦1504室 要点内容软件下载 软件安装 License的激活 CPU,RAM(内存),HDD(硬盘) 软件更新 注释更新 创建项目（Project）创建实验（experiment） 数据的导入 主界面 数据质控QC Pre-Alignment QC Post-Alignment QC 序列比对数据过滤基因组浏览器的使用 要点内容软件下载 软件安装 License的激活 CPU,RAM(内存),HDD(硬盘) 软件更新 注释更新 创建项目（Project）创建实验（experiment） 数据的导入 主界面 数据质控QC Pre-Alignment QC Post-Alignment QC 序列比对数据过滤基因组浏览器的使用 软件下载//不要用google Chrome打开，要用火狐打开相对更快.需要注册学术/工业账号和密码， 163，qq，gmail这些不行/download/installers/download/installers 选择适用的版本进行下载。 请注意区分32/64 bit不要下载错。windows下载好的文件为：StrandNGS_windows.exe要点内容软件下载 软件安装 License的激活 CPU,RAM(内存),HDD(硬盘) 软件更新 注释更新 创建项目（Project）创建实验（experiment） 数据的导入 主界面 数据质控QC Pre-Alignment QC Post-Alignment QC 序列比对数据过滤基因组浏览器的使用 软件安装Windows双击安装文件StrandNGS_windows.exe就可以在图形界面下根据提示进行安装。Mac需要先下载安装文件StrandNGS_mac.zip, browser可以自动解压缩，如果不可以则需要双击。一旦解压缩，可以根据提示安装。如果有这样的提示信息：``StrandNGS mac cant be opened because it is from an unidentified developer ，需要到`Security Privacy（安全与隐私）中设置为`Allow applications downloaded from to `Anywhere.在Linux环境中，需要打开terminal(linux操作终端),运行目录切换至StrandNGS linux.bin存放目录中，运行 ./StrandNGS_linux.bin. 就可以在在图形界面的提示下进行安装。在Windows中，StrandNGS需要administrator的授权方可安装，对安装的目录没有硬性要求；Mac 和Linux要求一定要安装在普通user（normal user）的帐户下(切记不要安装在root或者admin user下)。一旦安装成功，就需要输入license 来启动程序。要点内容软件下载 软件安装 License的激活 CPU,RAM(内存),HDD(硬盘) 软件更新 注释更新 创建项目（Project）创建实验（experiment） 数据的导入 主界面 数据质控QC Pre-Alignment QC Post-Alignment QC 序列比对数据过滤基因组浏览器的使用 License的激活需要输入OrderID，即厂家提供的ID号（厂家直接通过邮箱给出序列号，不通过代理销售）。Help—License manager中输入即可。如下图操作。 输入license后可以查看该license的有效日期，该license允许进行全模块的分析（RNA-seq, DNA-seq等等所有分析）。 在这里需要注意，Biobase数据库自从被Qiagen收购， “Pathway Architect”一般和“NGS”有效日期同时。License的激活软件如果需要在另外一台电脑运行，则需要把该license在前一个电脑中“surrender”即退出账户 , 之后才可以把license输入到新电脑中。如果是同一个电脑，从C盘重装到E盘，也需要surrender.打算换一台电脑？软件打开Tool not launching when double-clicked many times:Regarding this issue, we request you to launch Strand NGS from cmd terminal. The steps for the same are ment