[计算机软件及应用]03序列相似性搜索1.ppt

BLAST format options BLAST format options: multiple sequence alignment threshold score = 11 EVD parameters BLOSUM matrix Effective search space = mn = length of query x db length 10.0 is the E value gap penalties cut-off parameters We will get to the bottom of a BLAST search in a few minutes… * * 生物信息学 第五章 序列相似性搜索 一、序列相似性搜索的任务和目的 序列相似性搜索的任务 序列相似性搜索的目的 二、同源和相似 三、序列的BLAST分析 四、专门的BLAST服务器 1. 序列比较的任务： 发现序列之间的相似性 辨别序列之间的差异 2. 目的： 相似序列 ? 相似的结构，相似的功能 判别序列之间的同源性 推测序列之间的进化关系 一、序列相似性搜索的任务和目的 1. 同源（homology）- 具有共同的祖先 直向同源（Orthologous ） 共生同源（paralogous ） 2.相似（similarity） 同源序列一般是相似的 相似序列不一定是同源的 二、同源和相似 一般认为，蛋白质序列间至少有80个氨基酸左右的区域有25%或更高的同源性；DNA序列具有75%以上的同源性有潜在的生物学意义。 三、序列的BLAST分析 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) allows rapid sequence comparison of a query sequence against a database. The BLAST algorithm is fast, accurate, and web-accessible. 基本局域联配搜寻工具 BLAST Website of BLAST /BLAST/ (BLAST2.0) http://www2.ebi.ac.uk/blast2/ (WU-Blast2) / (WU-Blast2) Why use BLAST? BLAST searching is fundamental to understanding the relatedness of any favorite query sequence to other known proteins or DNA sequences. Applications include identifying orthologs and paralogs discovering new genes or proteins discovering variants of genes or proteins investigating expressed sequence tags (ESTs) exploring protein structure and function Four components to a BLAST search (1) Choose the sequence (query) (2) Select the BLAST program (3) Choose the database to search (4) Choose optional parameters Then click “BLAST” Step 1: Choose your sequence Sequence can be input in FASTA format, plain text format or as accession number Example of the FASTA format for a BLAST query Step 2: Choose the BLAST program Step 2: Choose the BLAST program blastn (nucleotide BLAST) blastp (protein BLAST) blastx (translated BLAST) tblastn (translated BLAST) tblastx (translated BLAST) Choose the BLAST program Program Input Database 1 blastn DNA