第六章-基因组解剖.pptVIP

谷类作物线粒体rps19基因的命运 大肠杆菌染色体 §6基因组解剖 § 6.2 原核生物基因组解剖 真细菌操纵子的典型结构 大肠杆菌基因组中的操纵子 1) 大肠杆菌基因组总共有2 584个操纵子. 约73%操纵子只含一个基因, 16.6%含2个基因, 4.6%含3个基因, 6%含4个及以上基因. 2) 约55%的蛋白质转录方向与复制方向一致. 古细菌与真细菌操纵子比较 固氮菌中存在Megabase大质粒 基因组的顺序组成 1) 编码顺序 2) 非编码顺序 3) 重复顺序 4) 单一顺序 基因组转座因子 1) DNA转座因子 2) 逆转录转座因子 转座因子：原核生物与真核生物基因组中广泛存在的一类可以移动位置的遗传因子。 §6基因组解剖 § 6.3 转座因子与分散重复顺序 原核生物中的DNA转座因子 真核生物转座因子 1) 植物基因组DNA转座因子 2) 果蝇基因组DNA转座因子 3) 逆转座因子 植物基因组中的DNA转座因子家族 1) 玉米: Ac-Ds系统, Spm-系统, Mu-系统 2) 水稻: Tos17家族 3) 拟南芥: Basho, Pong, MULEs, hAT等家族, 注: 绝大多数现存的植物和低等生物(如果蝇)DNA转座因子仍然保留着活性, 它们是基因组进化的主要驱动力之一, 油菜基因组DNA转座因子的含量为6%. 而脊椎动物基因组很少最近起源的DNA转座因子.所有DNA转座因子均有边界反向重复顺序,切离转座到新的位置后,在原位均留下一个插入足迹顺序. 生殖 生殖 生殖 果蝇P转座因子是重要的遗传学研究工具 P-因子表达载体在反求遗传学中有广泛的应用,可用于增强子捕 获, 功能基因打靶.见: Nature Review Genetics 2002, 3: 189-198 逆转录转座因子 逆转录转座因子的类型与结构 逆转录转座因子的类型比较 逆转录转座因子与逆转录病毒的关系 脊椎动物中所发现的逆转录病毒据推测可 能起源于逆转座因子(LTR类), 在获得外壳 蛋白后转变为逆转录病毒. 植物基因组中的逆转座因子 1) 目前为止高等植物中尚未发现逆转录病毒. 2) 高等植物,包括单子叶和双子叶植物基因组均含有I类逆转座因子(LTR类), 但缺少II类(由mRNA反转录扩增)逆转录子. 3) 逆转座因子也是高等植基因组扩增的主要成分, 在不同作物中所占比例: 水稻: 14%; 玉米: 50%-60%; 大麦: 70% ; 小麦: 90%; 高粱: 6%; 油菜: 14%. 人类基因组转座成分的特点 常染色体区含有较其他生物密度高得多的转座因子拷贝； 人类基因组包含大量的古老的转座因子，其他生物的转座因子起源较近； 人类基因组不同重复顺序家族在基因组中的百分比与其他生物不同。 人类基因组中转座因子类重复顺序及其比例 人类基因组中几种分散重复顺序的起源 1) 非LTR类分散重复顺序 (缺少LTR边界顺序) a) LINE (long interspersed nuclear element), 又称长分散核因子), 主要来源于残缺的逆转录病毒cDNA. b) SINE(short interspersed nuclear element), 又称短分散核因子), 主要来源与Pol III基因的RNA逆转录cDNA, 如7SL RNA和tRNA基因. 2) LTR类分散重复顺序(具LTR边界顺序) a) 完整的逆转录病毒, 具类HIV的基因组结构 b) 内部残缺的逆转录病毒, 仍有完整边界顺序 真核生物重复顺序比较 人类 果蝇 线虫 拟南芥 类型 比例 家族成员 比例 家族成员 比例 家族成员 比例 家族成员 SINE 33.40% 6 0.70% 20 0.40% 10 0.50% 10 LTR 8.10% 100 1.50% 50 0.00% 4 4.80% 70 DNA 2.80% 60 0.70% 20 5.30%