牡丹LINE类反转录转座子序列的克隆及分析课件.pdf

园 艺 学 报 2014 ，41 （1）：157 –164 http: // www. ahs. ac. cn Acta Horticulturae Sinica E-mail: yuanyixuebao@126.com 牡丹LINE 类反转录转座子RT 序列的克隆及分 析 1 2,3 1 1,3 1,3,* 宋程威 ，郭大龙 ，张 曦 ，郭丽丽 ，侯小改 1 2 3 （河南科技大学农学院，河南洛阳 471003 ； 河南科技大学林学院，河南洛阳 471003 ； 河南省高校牡丹工程技术 中心，河南洛阳 471003 ） 摘 要：利用 LINE 简并引物从中原牡丹品种‘洛阳红’中扩增出 580 bp 左右的目的条带，对其回 收、克隆、测序及相关生物信息学软件分析后获得 32 条 LINE 类牡丹反转录转座子 RT （反转录酶）序列。 这些序列长度为 547 ~ 593 bp，主要表现为点突变，经 Clustal W 比对其同源性为25.7% ~ 94.2% 。将其核 苷酸序列经聚类后可分为 4 个家族，其中家族 Ⅰ和 Ⅲ分别占总序列数的 50%和 28% 。将32 条 RT 序列翻 译成氨基酸序列，在第 18 氨基酸序列处有 1 个非常保守的的甘氨酸（Gly ），在 138 氨基酸序列处有 1 个 半保守的赖氨酸（Lys ）位点。32 条序列均发生较多的终止密码子突变和移码突变。与其他物种的系统进 化树分析，表明牡丹 LINE 类反转录转座子 RT 序列既有一定的保守性，同时也与其他物种间存在一定的 同源性。 关键词：牡丹；非 LTR 类反转录转座子；反转录酶 中图分类号：S 685.11 文献标志码：A 文章编号：0513-353X （2014 ）01-0157-08 Cloning and Analysis of Reverse Transcriptase of LINE-retrotransposons of Tree Peony （Paeonia ） 1 2,3 1 1,3 1,3,* SONG Cheng-wei ，GUO Da-long ，ZHANG Xi ，GUO Li-li ，and HOU Xiao-gai 1 2 （College of Agriculture，Henan University of Science Technology ，Luoyang ，Henan 471003 ，China； College of Forestry ，Henan University of Science Technology ，Luoyang 3 ，Henan 471003 ，China；Engineering Technology Research Center of Tree Peony of Henan Province University，Luoyang ，Henan 471003 ，China ） Abstract ：A fragment of