RNA Structure 3中文使用说明书.pdfVIP

RNA Structure 3.2 RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker 的根据RNA 一级序列预测RNA 二级结构的算 法在软件上实现。预测所用的热力学数据是最近由Turner 实验室获得。提供了一些模块以扩 展Zuker 算法的能力，使之为一个界面友好的RNA 折叠程序。 基本配置：Windows95,Windows98 或WindowsNT。Pentium 以上芯片，32 兆内存。 熟悉菜单对熟悉使用非常重要。简单介绍如下： New Sequence： 打开序列编辑器，可输入或粘贴入序列，以.seq 格式存储。 Open Sequence:打开以.seq 格式.gen(genbank)格式或文本格式存贮的序列文件。 RNA Fold Single Strand.此项使用RNA 参数打开折叠窗口。 DNA Fold Single Strand.此项使用DNA 参数打开折叠窗口。 RNA Fold Intermolecular.此项使用RNA 参数折叠两个单体。 DNA Fold Intermolecular.此项使用DNA 参数折叠两个单体。 Refold.此项使用不同于先前使用的标准，重新折叠，快速生成次优结构。用于已经折叠并存 盘的序列。 Efn2.此项测定生成的RNA 二级结构的自由能，储存在ct 文件格式中。 Draw. 此项可绘制任何结构，储存在ct 文件格式中。 Dot Plot.此项可计算任何折叠的序列的点阵图，用于已经折叠并存盘的序列。 Mix and Match.此项可重组次优结构的区域使生成最低自由能的结构，与化学修饰数据一致。 Oligo Walk.打开Oligo Walk tool 帮助确定一个与RNA 对象紧密杂交的寡聚体。 方法： RNAstructure 使用Zuker 算法预测RNA 二级结构，预测一个结构分两步进行。第一步是使用 回归算法生成一个最优结构与一系列次优结构。生成次优结构的个数由用户输入的两个参数 （maximum structures and % sort）决定，第三个参数为窗口大小。此参数控制次优结构有 多少不同。小的窗口尺寸只允许生成非常类似的结构。 第二步是重新排序最有可能的结构。使用公式重新计算每个结构的最小自由能，输出根据重 新计算的最小自由能排序。 两步是连续进行的。 准确度 最近的研究比较了预测与种系确定的结构，When domains of less than 500 bases were used, the algorithm was able to predict 82.5% of 3,426 base pairs from small subunit rRNAs, group I introns, group II introns, and tRNAs. 序列编辑器 如何生成与编辑一个RNA 或DNA 序列 选择File/New 菜单，打开序列编辑窗口。需要的话，在Title 框内输入Title 信息，在Comment 框内输入注释信息，最后在 Sequence 框内输入序列信息， 由5端到 3端。注意：使用大 写字母输入序列。当使用T 或U 或同时使用时，RNA 折叠算法将假设其为RNA 将T 认为是U, 而DNA 折叠模块将认为其为DNA 并将U 认为是T。 可使用X 代表缺口或未知碱基。选择File/Save 或File/save as 命令以.SEQ 格式贮存。 载入序列或引入 Genbank 格式文件 选择File/Open Sequence 命令载入.SEQ 序列文件，也可选择Genbank 格式文件（.GEN）或 只有序列信息的文本文件。 序列编辑 当输入一个序列时，如果Read while typing 选项选择的话，可在输入同时听到输入的序列， 按下Read back 键，计算机将从光标所在位置向回读序列，按Cancel 键终止。如果先选择一 部分序列再按Read back 键，只读取选定部分。 序列编辑器可将你输入的序列转存为类似Genbank 格式的文件。按下Format 键，序列将变为 每行60 个碱基 每10 个碱基一个空格。 Fold RNA 键将你的文件输入Fold 模块，程序将提示你存盘。 折叠 预测RNA 二级结构如下进行： 1. 选择file|RNA fold single strand 启动模块，单击sequence 按键，打开对话框以载入 序列，此序列必需以.SEQ 为扩展文件名，其它序列文件可在序列编辑器中转为此格式。注意 必需为大写字母。 2. 输入文件名后，缺省值将填充在剩下的