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交互信息示例 　　以下是分析细菌RNase P RNA 的部分序列的一个例子。　　点击（Aligment）可以观察此联配。设置输出是全部列表（full table）显示M(x,y)的数值。Nbest 列出各个位置5 个高分值。序列和编号mask 都是根据E.coli. 。序列的编号是根据E.coli的mask序列。此序列中包含了一个RNase P RNA 结构区域的“cruciform region”(十字型区域) 。由于矩阵文件太大，不能在此说明文件中打开观察。但可通过打点作图方便地观察。在BioEdit 矩阵作图程序中，数据既可以数字也可以图形的方式被动态的检查。 * * 　　其中交互信息分析的“cruciform region” (十字型区域)在此输出中是环型的。此图象及全部最新的细菌和古细菌的RNase P RNA 结构和序列均可在RNase P 数据库中找到。/RNaseP 交互信息的作图示例 　细菌RNase P RNA 联配的一部分,共有包含极丰富信息的138 条序列。序列包含 “cruciform region” (十字型区域) 。 [具体数据详见文本]。 * 使用矩阵打点作图器分析交互信息数据 　　例如使用E.coli 作为序列和编号masks ，对146 条细菌RNase P RNA 序列进行M(x,y)分析得到的矩阵进行使用矩阵打点作图器分析交互信息数据 。 　　作图完成后 打开“数据检查器”，用鼠标在图中各点移动观察各数据点，可直接用点击某点在顶部的工具条中将出现数据值。 　　通过设置数据点的阈值在矩阵作图中遮蔽（shading）某些数据点，当仅需要显示出高分区域时，此选择可能有用。 　　下面的细菌RNase P RNA 联配的交互信息数据作图（E.coli 作为mask）。在图中很难挑出某一核苷酸三联体，虽然碱基配对的位置94 和104 是明显可见的，但很难挑出配对核苷酸94-104 及第三个核苷酸316 组成的三联体。 * 　　此图是联配的全部M(x,y)列表格式的部分图示，设置固定数据点大小为3*3象素。鼠标箭头指向位置94-104，右边的小红色框中心是位置94-316 。　 此图中位置316和位置94，104的相互作用并不明显，从作图窗口下“Plot” ?“Line Graph of Rows”进入一维行向作图。 * 　　下图显示第316 行的作图用“Row”旁边的上下箭头选择要观察的行或直接在框中输入要观察的行。可移动图中的蓝十字点击任何位置，将在顶部工具条的左上方列出位置x,y 及数据值。其中数据值是指图中位置的高峰对应的数值。 * 交互信息检查器(mutual information examiner) 　　如果希望在联配窗口中观察任意两个位置的交互信息，从“View”菜单下进入“mutual information examiner”，下面是控制条的格式 。 * 　　在“x”,”y”旁边输入要分析的位置。如果希望某一特定序列上此位置的信息（序列需无“gap”）, 就把此序列设为“numbering mask”,再输入x、y 的位置。图中的x、y 位置（x=261,y=289）对应的是前面在矩阵作图时选择的数据点。一定要将需要分析的序列全部选中。 最后点击“calculate”,将出现以下窗口。 * 　　在上图窗口中点击“Text”, 将出现如下文本编辑窗口，内容可复制和粘贴。 * 　　如果采用此位置输入是X=a-b,Y=c-d, 同时计算几对位置，BioEdit 假设你要分析是螺旋区域，即位置是反向平行的，所以c-d 和d-c 是不区分的。如果你要特别地指明某对的顺序，要采用X=a,b,c,d Y=e,f,g,h.的形式的输出。 ------------------------------------------------------------------- 附： BioEditV5.09： 官方下载 红意下载 　　　　　　　汉化补丁 BioEditV6.0.5:　分卷1　 分卷2 * 谢谢！ * 2.熵图 　　在联配文件中有专栏用熵图来衡量可变性。它衡量的是在联配中每个位置的“信息量”的缺乏。准确地说，是每个位置的可预测性的缺乏。 * 3.疏水性轮廓(profile) 　　平均疏水性轮廓采用Kyte Doolittle 的方法，平均分值(总和/窗口大小)作为序列中各个位置的疏水性值，并以窗口中中间残基的疏水性值作图。 * 4.瞬间疏水性轮廓(hydrophobic moment profile) * 5.平均瞬间疏水性轮廓 * 6.在联配中搜