基因型监定有一套!SNPGenotypingAssay.PDFVIP

轉譯醫學研究 SNP Genotyping AssaySNP Genotyping Assay 編譯 ：廖珮鑾 基因型鑑定有一套!基因型鑑定有一套! KASPar™ Genotyping System採用了螢光能量轉移 分析法(FRET based assay)，藉由預先設計的 HEX 或 FAM 螢光染劑結合兩種不同序列DNA順向引子(forward primer)，當樣品DNA進行第一次增幅的時候，單點突變 的DNA會只與其中一種順向引子結合，接著，隨著增幅的 單一核苷酸多型性(single nucleotide polymorphism, 次數增加，原本引子上被Quancher抑制的螢光染劑，會 SNP) 決定著群體和個體基因序列的細微差別。了解疾病 在增幅的過程中，與DNA產物結合，並因FRET-based 的生成發展，讓個人化醫療之所以成為可能，就是因為 primer結構被破壞而發出螢光訊號，當反應持續進行，螢 光訊號即被放大 (圖1) 。反應結束後，根據螢光訊號可分 在這細微的變異中，透過對基因的分析，與藥物代謝相 成三組，其中，代表同型合子(homozygotes)只產生HEX 關基因的研究，找到不同患者間藥物代謝及藥效差別， 或FAM螢光訊號，另一組為異型合子(heterozygotes) 則 達到個人化治療的效果。這也是近幾年來生醫學界倡導 會產生 FAM 與 HEX 相同強度的螢光訊號。 的轉譯醫學所要倡導的理念。過去SNP分析多使用的是 聚合酶連鎖反應儀，殊不知在盤式判讀儀優異的性能之 下，也能達到一樣的分析效果! Thermo實驗室利用盤式判讀儀 搭配FRET技術，告訴您 　　 　SNP分析也能這麼做!! 材料： KASPar™ SNP Genotyping Assay (KBioscience) 儀器： 聚合酶連鎖反應儀 Thermo Scientific Arktik, Thermo Scientific PikoReal 盤式螢光判讀儀 Thermo Scientific Varioskan Flash 可見光、螢、冷光盤式判讀儀 Thermo Scientific Fluoroskan Ascent 螢光盤式判讀儀 在此次的分析當中，有以下的重點: 在96與384孔盤分析時，螢光盤式判讀儀都能提供相 圖1. KASPar™ Genotyping System: A- 帶有HEX或FAM螢光染劑的 同優異的分析效能 兩種DNA引子; B- 引子與相對應的序列結合C- 增幅並放大訊號 盤式螢光判讀的實驗，使用PCR盤進行上方判讀或是 實際使用 96-well PCR微孔盤進行 KASPar assay分 下方判讀模式，數據都正常 析，使用的是Arktik Thermal Cycler與 PikoReal real-time PCR分析儀。當 DNA增幅完成後，使用 Fluoroskan Varioskan