玉米大斑病感抗近等基因系SNP基因芯片分析-玉米科学.PDFVIP

玉 米 科 学2014，22(5)：153～158 JournalofMaizeSciences 文章编号：1005-0906(2014)05-0153-06 玉米大斑病感、抗近等基因系SNP基因芯片分析 马 骏，王延波，刘欣芳，李 明，弓 雪，齐 欣，姜 敏 (辽宁省农业科学院玉米研究所，沈阳 110161) 摘 要：通过SNP基因芯片(56 110个SNP)对A619感、A619Ht3抗玉米大斑病近等基因系进行分析，采用生物 信息学和比较基因组学方法进行显著SNP位点候选基因筛查和功能预测。结果表明，发现10个热点区域，分别位 于bin2.06、3.02/3.03、3.04、3.07、3.08、7.03和bin9.08，38个SNP被确定与大斑病抗性相关；挖掘出24个候选基因，通 过注释发现，候选基因多与各种受体类酶活性、金属离子及能量的代谢和平衡等功能相关。 关键词：玉米；玉米大斑病；抗性基因；SNP 中图分类号：S435.131 文献标识码：A SNPGeneChipAnalysisofNear-isogenicLinestoNorthCornLeafBlight MAJun,WANGYan-bo,LIUXin-fang,LIMing,GONGXue,QIXin,JIANGMin (MaizeResearchInstitute,LiaoningAcademyofAgriculturalSciences,Shenyang 110161,China) Abstract:Apairnear-isogeniclinesofnorthcornleafblightusingofSNPgenechip(56 110SNP)wasana⁃ lyzed.Throughbioinformaticsandcomparativegenomicsanalysis,potentialgenesscreeningandfunctionprediction wereperformed.Thirty-nineSNPwereidentifiedassociatedwithresistance,tencandidateareawerepositioned,lo⁃ catedbin2.06, 3.02/3.03, 3.04, 3.07, 3.08, 7.03 andbin9.08.Twenty-fourcandidategeneswerediggedout.The functionincludedavarietyofkinaseactivity,metalion,energymetabolismandbalance. Keywords:Corn;Northcornleafblight;Resistancegene;SNP [11] 一对近等基因系对某种病害的抗病性存在差 因 。Chung等通过高分辨率断点分析，将Ht2基因 异，就可以通过筛选近等基因系间具有多态性的分 定位于B73物理图谱上的143.92-144.38MB之间， [1] 子标记来进行抗病基因的定位 。玉米大斑病抗性 其中包括两个蛋白激酶基因(GRMZM2G135202和 基因分为数量抗性和质量抗性两种，其中主要的质 GRMZM2G164612)和一个丝氨酸-苏氨酸特异性蛋 [12] 量抗性有Ht1、Ht2、Ht3、HtN(Htn1，Htm1)、ht4、和Bx， 白磷酸酶基因(GRMZM2G119720) 。Kolkman等关 分别被定位于2.07、8.05、7.04、8.06、1号染色体短臂 注到ts2区