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复旦大学超算中心 MPI使用情况说明中心MPI情况说明 INTEL MPI 是INTEL公司提供的高性能MPI，同时支持Infiniband、TCP两种网络，安装路径为/home/software/mpi/intel/impi/4.0.1.007MVAPICH2 是MPI接口在Infiniband网路上的实现版本，在Infiniband上具有较高的性能。/home/software/mpi/mvapich2-1.4-gnu /home/software/mpi/mvapich2-1.4-intel 3. OpenMPI 是MPI2实现的高性能的MPI，可以运行于任何网络上。 下面将以cpi为例，介绍不同的MPI利用作业调度系统运行的方法。4. 作业调度系统上MPI使用举例 测试脚本为： 4.2：MVAPICH2 环境变量设定为： 运行脚本为： 4.3: OpenMPI 环境变量设定为： 运行脚本为： # # for impi # . /home/software/compiler/intel/11.1/072/bin/iccvars.sh intel64 . /home/software/compiler/intel/11.1/072/bin/ifortvars.sh intel64 . /home/software/mpi/intel/impi/4.0.1.007/bin64/mpivars.sh /home/software/mpi/openmpi1.4.2-gnu采用gcc 4.1.2和gfortran编译 /home/software/mpi/openmpi1.4.2-intel 采用icc 11.0和ifort 11.0编译 #!/bin/bash -x #PBS -N mycpi #PBS -l nodes=2:ppn=8 #PBS -j oe # #define variables # n_proc=$(cat $PBS_NODEFILE | wc -l) # #running jobs # cd $PBS_O_WORKDIR # # Setup the MPI topology # time -p mpirun --mca btl openib,self -np ${n_proc} ./cpi exit 0 PATH=/home/software/mpi/openmpi1.4.2-intel /bin:$PATH ysma@login.nebulae ~/work/mpi/impi cat 1.job.impi #!/bin/bash -x #PBS -N mycpi #PBS -l nodes=2:ppn=8 #PBS -l walltime=00:08:00 #PBS -j oe # #define variables # n_proc=$(cat $PBS_NODEFILE | wc -l) #running jobs # cd $PBS_O_WORKDIR # # Setup the MPI topology # time -p mpirun --rsh=ssh -env I_MPI_DEVICE rdma:OpenIB-cma -np ${n_proc} ./cpi exit 0 PATH=/home/software/mpi/mvapich2-1.4-intel/bin:$PATH /bin:$PATH dolphin@login.nebulae:~/work/mpi/mvapich2 cat 1.job.mvapich2 #!/bin/bash -x #PBS -N mycpi #PBS -l nodes=2:ppn=8 #PBS -l walltime=00:08:00 #PBS -j oe #define variables # n_proc=$(cat $PBS_NODEFILE | wc -l) # #running jobs # cd $PBS_O_WORKDIR # # Setup the MPI topology # time -p /mpirun_rsh -ssh -np ${n_proc} -hostfile $PBS_NODEFILE ./cpi exit 0