基因进化树分析.pptVIP

不计算序列间的距离，而是将序列中有差异的位点作为单独的特征，并根据这些特征来建树。 基于特征的建树方法 解释一个过程的最好理论是所需假设数目最少的那一个。对所有可能的拓扑结构进行计算，并计算出所需替代数最小的那个拓扑结构，作为最优树。 最大简约法不需要在处理核苷酸或者氨基酸替代的时候引入假设（替代模型）。此外，最大简约法对于分析某些特殊的分子数据如插入、缺失等序列有用。 在分析的序列位点上没有回复突变或平行突变，且被检验的序列位点数很大的时候，最大简约法能够推导获得一个很好的进化树。 MP－最大简约法 选取一个特定的替代模型来分析给定的一组序列数据，使得获得的每一个拓扑结构的似然率都为最大值，然后再挑出其中似然率最大的拓扑结构作为最优树。 最大似然法的建树过程是个很费时的过程，因为在分析过程中有很大的计算量，每个步骤都要考虑内部节点的所有可能性。 ML－最大似然法 进化树重建方法的选择 用截然不同的距离矩阵法与简约法分析一个数据集，如果能够产生相似的系统发生树，这样的树可以认为是可靠的 用Bootstrap（自展法）检验 系统发生树的可靠性 从排列的多序列中随机有放回的抽取某一列，构成相同长度的新的排列序列 重复上面的过程，得到多组新的序列 对这些新的序列进行建树，再观察这些树与原始树是否有差异，以此评价建树的可靠性 一般Bootstrap重复取样次数要大于100，根据每个分支在不同此取样时出现的频率赋予该分支一个百分比。 如果严格根据统计学概念，该百分比要大于95％采认为该分支的较为可信。在实际应用中该值大于75％就认为可信。 Bootstrap－自展法 A.重新取样(100-1000 time). 12345 100 1 : ATCTG…A 2 : ATCTG…C 3 : ACTTA…C 4 : ACCTA…T 12345 100 1 : AATTT…T 2 : AATTT…G 3 : AACTT…T 4 : AACTT…T 11244 x 12345 100 1 : TTTAT…T 2 : TAACC…G 3 : TAACC…T 4 : TGGGA…T 4 7789…x 12345 100 1 : AGGTA…T 2 : AGGAC…G 3 : AAAAC…A 4 : AAAGG…C 15578… x B. 每组取样重建进化树. 12345 100 1 : AATTT…T 2 : AATTT…G 3 : AACTT…T 4 : AACTT…T 11244 x 12345 100 1 : TTTAT…T 2 : TAACC…G 3 : TAACC…T 4 : TGGGA…T 4 7789…x 12345 100 1 : AGGTA…T 2 : AGGAC…G 3 : AAAAC…A 4 : AAAGG…C 15578… x Sp1 Sp2 Sp3 Sp4 Sp1 Sp2 Sp3 Sp4 Sp1 Sp2 Sp3 Sp4 C. 计算各分支出现的可信度 Sp1 Sp2 Sp3 Sp4 Sp1 Sp2 Sp3 Sp4 Sp1 Sp2 Sp3 Sp4 Sp1 Sp2 Sp3 Sp4 67% 100% In 67% of the data sets, the split between SP1+SP2 and the rest of the tree was found. 进化树的基本概念 距离没有意义 无比例：进化分枝图，仅体现树的拓扑结构 与序列间的变化成正比：进化树 与进化时间成正比：系统发育树 怎样确定树根？ 无根树：只表明序列间的差异 有根树：表明序列间的差异，同时表明进化的方向 节点可以自由旋转 分子进化与系统发育分析软件 基因进化树的生物学意义 基因进化树的生物学意义 种系发生（亿万年的变化） 对传统进化树的补充 同一物种内系统进化 低等生物（细菌、病毒等）的种系分析 物种变异（较短期内的变化） 病毒的准种 病毒分子流行病学 Influenza Virus………… 病毒分子流行病学 病毒的流行状况 指导疾病的预防（HEV Genotype I、IV） 指导疾病的临床治疗（HCV） 病毒传播途径 地理路线 物种途径 监控和预测 Influenza Virus 疫苗的选定 WHO每年流感推荐疫苗 WHO在全球有6个人流感reference Lab，2个动物流感reference Lab。 对当年流行的毒株进行序列分析（人流感/动物流感）。 选定当年主要流行分支的数种根部毒株为预选疫苗。 评价预选疫苗的免疫原性和免疫保护性——确定推荐疫苗株。 谢谢大家！ 对传统进化树的补充 科学家欲据基因分析重写爬行动物进