相互作用蛋白质组学-中科新生命.PDFVIP

页 1 相互作用蛋白质组学 相互作用蛋白质组学（interaction proteomics）是一种基于质谱技术对蛋白质-蛋白 质、蛋白质-核酸、蛋白质-药物/小分子化合物的相互作用进行大规模定性或定量研究的蛋白 质组学方法。采用免疫沉淀（IP）或pull down等亲和分离手段，将能够与特定分子结合的蛋 白质复合物进行分离，然后利用蛋白质组学大规模定性或定量的优势进行蛋白质复合物解 析，是研究蛋白质与生物分子或药物之间相互作用的强大工具。 传统的蛋白质相互作用研究方法需要研究 本公司采用Thermo Scientific 的LTQ-Velos或 者根据已有研究基础和较深入的研究背景，通过 Q-Exactive质谱仪对亲和分离的蛋白质复合物进 一定的摸索或积累，对可能存在的相互作用进行 行鉴定分析，采用高分辨率质谱 Q-Exactive质谱 准确地预测，然后对预测的相互作用进行验证； 仪（Thermo Scientific）或Triple TOFTM 5600质谱 并且其通量小、研究效率低、获得的信息量有 仪（AB SCIEX ），对亲和分离的蛋白进行Label 限。相比于传统蛋白质相互作用研究方法，基于 free或SILAC定量分析。 质谱技术的相互作用蛋白质组学的大规模研究模 式所具有的优点包括： 1. 大规模的开放性研究，可更为高效地发掘和 ◆ 主要应用范围 鉴定相互作用蛋白质； 利用IP 或pull down 等亲和实验手段，研究 2. 信息输出规模大，能够在网络层面上全面地 蛋白质-蛋白质、蛋白质-核酸、蛋白质-小分子化 描绘和反映蛋白质相互作用关系； 合物相互作用; 3. 开放性研究和大规模信息，可能带来更为创 1. 揭示目标蛋白质的作用机制及调控方式：阐 新的发现 ； 明目标蛋白质所参与的功能复合物的组成、 上下游信号通路的构成；寻找与目标蛋白质 利 用 定 性 蛋 白 质 组 学 的 方 法 对 IP 或pull 作用直接相关的酶或其作用的底物等； down 分离出的蛋白复合物的组成进行鉴定分 析，已成为大规模研究蛋白质相互作用关系的主 2. 免疫识别及机制研究：寻找自身抗体对应的 流方法。然而，很多情况下，蛋白质与蛋白质之 抗原；寻找病原体识别有关的宿主免疫系统 间的相互作用，并不是non-all 的形式；对蛋白质 相关蛋白质等； 的相互作用进行量化，也能够更为准确地反映蛋 3. 表观调控研究：寻找目标DNA转录相关调 白质的相互作用关系和动态改变。因此，在大规 控因子；寻找 RNA 的翻译调控相关蛋白 模定性研究的基础上，通过结合定量蛋白质组学 质，或与LncRNA作用相关的蛋白质等； 的Label free或SILAC的方法，还可以实现对大规 模蛋白质相互作用的定量分析，进而阐明特定条 4. 药物作用与机制研究：揭示药物/活性小分 件下生物体内蛋白相互作用的动态变化。 子的直接作用靶点；激酶抑制剂的激酶靶点 鉴定及作用选择性评价等。 上海中科新生命生物科技有限公司 页 2 ◆ 技术路线