SNP与人类疾病课件.pptVIP

依据连锁不平衡（LD），基因内block情况 * Tagger: 寻找基因内的tagSNP * tagSNP * * / 大家要是有时间的话，可以尝试在dbSNP数据库中进行SNP检索 dbSNP数据库检索SNP 结果显示，点击 GeneView 输入查询 * 选in gene region, 显示IL10内所有的SNP； 选cSNP,显示编码区域的SNP * 注意： dbSNP数据库中SNP数量很大，有的没有经过验证，研究时仅作参考 想想red、green区域的区别？ * r missense, Val Ile * 思考题 结合本章的介绍和前几章的知识，设计一个基于SNP的通路与疾病相关性的实验设计，并分析其可行性 * THANKS！ * 单核苷酸多态与人类疾病SNPs In Human Diseases * 回顾理论课内容 单核苷酸多态性及相关概念 常用的SNP分型技术 基于SNP的复杂疾病遗传定位方法 1 2 重要的SNP数据库资源 3 4 * * 实习课内容 1. 利用HapMart网络平台提取中国汉族人群基因IL8上的SNP，并列出这些SNP各自所处的功能区域 2. 试结合第一章中对NCBI等重要的序列数据资源知识介绍，选取适当的限制性片段长度多态性方法用于IL8基因上SNP分型的内切酶 * 实习课内容 3. 从本章给出的Haploview网络地址下载并安装最新的Haploview软件版本，研究一下可以输入的数据格式 4. 在Haploview中导入Hapmap格式IL8基因上的SNP基因型，从中提取能覆盖整个基因的最少量的TagSNP * 为了培养大家独立操作的能力，老师给大家演示例子时用IL10基因，大家做习题的时候用IL8基因！ * 1. 利用HapMart网络平台提取中国汉族人群基因IL10上的SNP，并列出这些SNP各自所处的功能区域 实习题1 / （1）开打网页 （2）输入设置：选择CHB、 在GENE FILTERS框中输入IL10 * （3）输出设置：选择感兴趣的输出信息 * 3. 结果导出：以界面和文件形式输出限定条件下IL10上的SNP位置、基因型、群体频率等信息 * * 实习题2 2. 试结合第一章中对NCBI等重要的序列数据资源知识介绍，选取适当的限制性片段长度多态性方法用于IL8基因上SNP分型的内切酶 限制性内切酶（restriction enzyme），能识别双链DNA中的特定碱基序列，并切割双链DNA的核酸酶。常用于重组DNA技术的一类限制酶的识别位点为回文对称结构，它们的结合和切割都在这一特定的对称结构内 * 同一物种不同个体的DNA分子，用同一种限制性内切酶完全酶切后，出现分子量不同的同源等位基因片段，称为限制性片段长度多态性（restriction fragment length polymorphism，RFLP） 内切酶酶切示例 BbuI GCATGC CGTACG GCATG C 3’端突出 NotI GCGGCCGC CGCCGGCG GC CGCCGG 5’端突出 HpaI GTTAAC CAATTG GTT AAC CAA TTG 平末端 名称 识别位点 切割后分子 末端类型 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ 3’ 3’ 3’ 3’ 3’ 3’ 粘 性 末 端 * * TT TC CC 249 bp 254 bp 503 bp 电泳图模拟 * 优点： 1.方法简单； 2.容易操作； 3.经费要求不高 缺点： 1.样品纯度要求较高和用量大； 2.过分依赖于限制性内切酶的种类和数量； 3.分析步骤繁琐、工作量大； 4.分型容易出错、通量较小 RFLP方法优缺点 * * /index.html 直接以IL8为例演示 * * * * * 选取一个要 研究的区域 * 利用软件分析该区域的限制性内切酶位点 * 设计引物 PCR扩增目的片段 EcoRI酶切 聚丙烯酰胺凝胶检测 * C 等位 EcoRI 不能识别 * T 等位 EcoRI 切割 * 实习题3 3. 从本章给出的Haploview网络地址下载并安装最新的Haploview软件版本，研究一下可以输入的数据格式 /mpg/Haploview/index.php * 实习题4 4. 在Haploview中导入Hapmap格式IL10基因上的SNP基因型，从中提取能覆盖整个基因的最少量的TagSNP * / Haploview软件直接分析基因的tagSNP IL10: Chr1,205,007,571-205,012,462 Chr1,205007 kb-205,012 kb * 在Haploview软件界面输入相应信息 * *