南京师范大学科学计算中心集群使用手册V301集群的各项配置.DOC

南京师范大学科学计算中心 集群使用手册 （V3.0） 1. 集群的各项配置信息 1.1 硬件配置 集群共有108个计算节点，4台登陆管理节点，3台I/O节点，2台胖节点，1台GPU节点组成。根据具体情况，会开启部分或全部节点供计算使用。108个计算节点配置如下： CPU: 2* Intel Xeon 6C X5650 2.66GHz Memory: 12* 4GB DDR3 LP RDIMM Hard Disk: 1* 2.5in SFF Slim-HS 10K 6Gbps 300GB SAS 10K 胖节点配置如下： a）CPU: 4* Intel Xeon 8C E7-4820 2.0GHz b）Memory: 64*8GB DDR3 LP RDIMM c）Hard Disk: 4* 2.5in SFF Slim-HS 10K 6Gbps 300GB SAS 10K 1.2 软件配置 集群域名： 集群登录IP：4 操作系统：Red Hat Enterprise Linux 5.7 编译器：Intel C++ Linux 2011.7.256 ，Intel Fortran Linux 2011.7.256 数学库：Intel Math Kernel Library 11.0 MPI实现：MVAPI2 集群管理软件：君富EasyCluster高性能计算集群管理软件V1.6 已安装的科学软件：vasp 5.3.5 2. 使用指南 2.1 如何登录集群？ 两种方法可以访问集群： (1) 先下载Xshell4和Xftp4软件，安装时请选择Free for home/school,使用ssh client，如Xshell4，启动后连接集群即可，如下图所示： (2) 使用EasyCluster，打开IE浏览器，输入URL： /easycluster，出现如下界面： 注： 首次使用EasyCluster，请按照上述界面提示，下载插件并安装，否则将无法正常浏览EasyCluster。单机界面中黄颜色的“此处”超级链接，即可下载插件（使用IE的windows用户和使用firefox的Linux用户，请根据界面提示下载对应的插件包），下载完成后双击即可开始安装。 EasyCluster的帐户系统和服务器（指安装EasyCluster服务器端程序的服务器）操作系统的帐户是一致的。换句话说，用户只需要使用一套用户名和口令就可以登录EasyCluster和服务器的Linux/UNIX操作系统。 插件安装完成后，输入帐号和密码，进入EasyCluster系统主界面，如下图所示： 1、退出系统链接。通过单击该超链接，EasyCluster将清除用户的登录信息，回到登录界面，从而安全的退出EasyCluster系统。在此，我们强烈推荐用户每次退出系统都通过这种方式进行，而不是直接将浏览器关闭。 2、主功能导航。此处是EasyCluster全部功能的清单，从图上可以看出，EasyCluster的功能模块主要有提交任务、任务管理、消息管理、待办事宜、记帐信息、控制面板。 2.2 如何退出登录？ 使用方法1，即ssh client登录集群的用户，请输入命令“exit”退出登录。然后关闭ssh client软件即可。 使用方法2，即EasyCluster的用户，请单击主界面中的“退出”超链接退出登录，然后关闭浏览器即可。 2.3 如何上传/下载文件？ 使用ssh client登录上集群之后，使用sftp功能即可上传下载文件。sftp是基于SSH的FTP实现，传输安全稳定。以上述Xshell4软件为例，登录进入集群之后，单击下图1中所示的工具栏按钮，即可打开Xftp4的界面（如下图2）： 在Xftp4的界面中，左侧是本地硬盘的文件浏览界面，右侧是远程服务器上的文件浏览界面，使用“拖拽”的方法即可完成文件的上传和下载。即将文件或文件夹从左侧拖拽到右侧，即可完成文件的上传；将文件从右侧拖拽到左侧，即可完成文件的下载。 2.4 如何提交一个普通计算任务？ 使用EasyCluster提交计算任务。EasyCluster带有一个任务调度系统，在EasyCluster中提交的任务，将根据任务的要求和相应的配置情况，被放入任务排队队列。同时，EasyCluster会根据集群目前的负载情况，自动挑选出满足任务条件的计算节点，将任务放到这些节点中运行。 (1) 提交一个普通的计算任务，在EasyCluster左方的主功能导航中，单击【提交任务】，出现如下界面： 将这种任务提交表单填写完成，即可提交一个任务，该表单中各字段的含义和填写方法如下： 填写项 必须填写 用来标识任务的文字，建议不要超过8个字符。任务名称的第一个字符不能是数字，且任务名称中不能包含空格。 任务类型