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TRRD（转录调控区域数据库）是一个关于基因调控信息的集成数据库，该数据库搜集真核生物基因转录调控区域结构和功能的信息。 每一个TRRD的条目对应于一个基因，包含特定基因各种结构和功能特性。 TRRD http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/trrd/ TRRD6.0包括七个相关的数据表 （1）基因描述表TRRDGENES （2）控制区域表TRRDLCR （3）调控区域表TRRDUNITS （4）转录因子结合位点表TRRDSITES （5）转录因子表TRRDFACTORS （6）表达模式表TRRDEXP （7）实验来源表TRRDBIB PROSITE ( http://www.expasy.ch/prosite/) 是蛋白质家族和结构域数据库。 涉及的序列模式包括酶的催化位点、配体结合位点、与金属离子结合的残基、二硫键的半胱氨酸、与小分子或其它蛋白质结合的区域等。 POSITE包含1000多个蛋白家族或保守区的模式或特征，每一种模式都伴有蛋白质结构和功能的信息。 PROSITE 蛋白质相互作用数据库--1 蛋白质相互作用数据库--2 蛋白质相互作用数据库--3 蛋白质相互作用数据库--4 蛋白质相互作用数据库--5 PubMed（/pubmed/）提供对MEDLINE、Pre-MEDLINE等文献数据库的引用查询和对大量网络科学类电子期刊的链接。 PubMed 限定搜索 高级搜索 第五节 其它生物分子数据库 SCOP数据库 ( http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/）提供关于已知结构蛋白质之间的结构和进化关系的详细描述，包括PDB数据库中所有条目。 对于每个蛋白质还包括下述信息：到PDB的链接、序列、参考文献、结构的图像等。 蛋白质结构分类数据库SCOP 按结构和进化关系对蛋白质分类，主要层次是家族、超家族和折叠: (1) 家 族：具有明显进化关系 (2) 超家族：具有远源进化关系，具有共同 的进化源 (3) 折叠类：主要结构相似 DSSP（ http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/ ） 是一个二级结构推导数据库。 对研究蛋白质序列与蛋白质二级结构及空间结构的关系非常有用。 除二级结构外，DSSP还包括蛋白质几何特征及溶剂可及表面。 蛋白质二级结构数据库DSSP The DSSP code H = alpha helix B = residue in isolated beta-bridge E = extended strand, participates in beta ladder G = 3-helix (3/10 helix) I = 5 helix (pi helix) T = hydrogen bonded turn S = bend 例： OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man) 收集了已知的人类基因及由于这些基因突变或者缺失而导致的遗传疾病。 OMIM的使用非常方便 输入到检索窗口的一个或几个词查询，返回含有该词的文档的列表，用户可以在列表中选择一个或更多的记录查看其OMIM数据的全文。 :80/entrez/query.fcgi?db=OMIM OMIM http://www.epd.isb-sib.ch/ 真核基因启动子数据库，提供从EMBL中得到的真核基因的启动子序列。 EPD PIR数据库的结果 第四节 生物大分子结构数据库 /pdb PDB含有通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振NMR）测定的生物大分子的三维结构。 蛋白质 核酸 糖类 其它复合物 PDB（Protein Data Bank） PDB中每个结构包含名称、参考文献、序列、一级结构、二级结构和原子坐标等信息。 PDB中每条记录有两种序列信息： （1）显式序列信息 以SEQRES作为显式标记，以该关键字打头的每一行都是关于序列的信息。 （2）隐式序列信息 即为立体化学数据，包括每个原子的名称及原子的三维坐标。 HEADER HYDROLASE 19-FEB-97 1ADZ TITLE THE SOLUTION STRUCTURE OF THE SECOND KUNITZ DOMAIN OF