高斯软件-基础教程.doc

GaussView界面教程【1】——界面介绍 Gview是一个专门设计于高斯配套使用的软件，其主要用途有两个：构建高斯的输入文件；以图的形式显示高斯计算的结果。除了可以自己构建输入文件外，Gview还可读入Chem3D，HyperChem和晶体数据等诸多格式的文件。从而使其可以于诸多图形软件连用，大大拓宽了使用范围。 开启GaussView会看到一大一小两个窗口，后面灰色背景的窗口为选择窗口，在里面选择要输入的分子或基团；前面紫色的窗口为绘图窗口，使用鼠标绘制想要绘制的图形。 菜单栏 【File】主要功能是建立，打开，保存和打印当前的文件 【Edit】完成对分子的剪贴、拷贝、删除、抓图等 【View】与显示分子相关的都在这个菜单下，如显示氢原子、键、元素符号、坐标等 【Calculate】直接向Gaussian提交计算 【Results】接收并显示Gaussian计算后的结果 【Windows】控制窗体，如关闭、恢复等 【Help】帮助 快速工具栏 【左面第一个】选择元素与价键，单击打开会看到一个元素周期表，通过它可以选择需要绘制的元素以及价态。 【左面第二个】环工具，作用与上一个差不多，只是这里提供的都是环状化合物残基； ? 【左面第三个】提供常用的R基团模板，其中包括乙基、丙基、异丙基、异丁基等 【左面第四个】氨基酸残基，使用它可以迅速绘制氨基酸 【左面第五个】用户自定义基团，您可以将常用的基团存放到此处 这条快速编辑栏中从左到右依次是【键调整】|【键角调整】|【二面角调整】|【查询已有结构】|【增加化学键】|【删除化学键】|【翻转原子】|【单个选择】|【框选】|【去除选择】|【全选】 这里面的所有选项都可以通过在绘图窗口点击右键得到。 3、常用工具栏 这两条条工具栏是最常用的，几乎所有软件都有的新建打开等工具 GaussView教程【2】——构建分子 这里以构建一个间氟苯乙烷分子并从GaussView里递交计算为例来说明。 开启Gview 双击按钮，选择苯基（第一个），会看到主程序框体中出现苯环 在工作窗口单击，可以看到工作窗口也出现了一个苯环。 单击左键，可以将主程序框体中的分子或基团加入到工作窗口； 按上下左右键，或者左键单击不放移动鼠标，可以调节分子的角度； 滚动鼠标滚轮，可以放大缩小分子； 按住shift键，左键单击不放移动鼠标，可以移动分子； 当工作窗口内有多个分子时（在构建大的分子时，这种情况很容易出现） 用Shift+Alt+鼠标左键组合，移动想要移动的分子； 用Ctrl+Alt+鼠标左键组合调节其中一个分子的角度； 双击图标（或者左键不放），在元素周期表中选择【F】元素，回到工作窗口在苯的任意一个【H】上单击，使之变成【F】 双击图标，从链烃库中选择【乙基】（第一个），然后点击间位上的【H】即可 至此，分子式已经构建完成，Gview存储个人常用分子的功能，双击view上的图标，在下面的对话框中键入相关项目，保存即可。 （注：我的程序此项功能不行，用户自定义基团） 查看分子坐标：单击Gview界面的图标，查看分子的坐标。 至此，我们保存一下我们构建好的间氟苯乙烷分子，在绘图界面右键单击【File】——【Save】然后选择保存路径即可。 GaussView教程【3】——向Gaussian提交计算 上一讲我们已经构建好了一个间氟苯乙烷分子，现在打开间氟苯乙烷分子。 点击Gview界面上的【Calculate】——【Gaussian Calculate Setup】 从对话框中我们可以选择许多参数，下面依次选择一下 【Job Type】工作类型： 【Energy能量】|【Optimization优化】|【Frequency频率】|【Opt+Freq优化＋频率】|【Scan扫描】|【Stability稳定性】|【NMR核磁】， 这里我们选择【NMR】核磁 【Method】方法：每种计算模式都提供了若干种方法，这里选择默认值即可 【Title】题目：这项可以根据自己的项目自行命名 【Link 0】给检查点文件命名 其它选择默认即可 选好后点击【Submit】提交至Gaussian，并保存。（最好存到安装文件所在磁盘） 系统会询问是否提交至Gaussian，选择【OK】，Gaussian会自动开启并计算，计算时间因硬件配置而异 计算完毕后系统会提示关闭Gaussian，点击【是】 计算完毕后会生成两个文件，.log的是系统日志，便于查看计算结果。这里我们选择.chk文件【Ok】 接下来我们又一次看到了刚才绘制的那个分子，表面上没什么不同，但这次我们可以预言它的许多性质了，在GView的主界面点击【Results】——【Summary】可以看到刚才的计算总结，点击【View File】可以看到日