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生物信息系统计实现与BioJava开发
* * 编程实现 编程实现 编程实现 编程实现 编程实现 编程实现 编程实现 编程实现 编程实现 编程实现 编程实现 编程实现 编程实现 编程实现 编程实现 编程实现 编程实现 编程实现 编程实现 编程实现 编程实现 编程实现 编程实现 BioJava开发 BioJava是使用java语言实现的,辅助java开发人员快速处理和分析生物数据的工具集 BioJava工具集中包括两个主要方法集:BioJava和BioJavax BioJava主要包括功能:解析绝大多数格式的生物学文件(embl,genbank,asn.1等)、简单的联配、序列相似性搜索、序列注释的解析和生成等 BioJava开发 BioJava样例 BioJava样例 谢谢 * Before the database, we designed a bunch of tables for data recording and information exchange. * jinke * * 生物信息系统设计实现与BioJava开发 金科 jinke@ 内容提要 生物信息系统设计实现 BioJava开发 建立生物信息系统的基本流程 需求分析 业务设计 编程实现 测试发布 框架和平台选择 生物信息系统样例 需求分析 了解项目的真正需求 根据需求确定要使用的技术 以PBmice为例: 关键需求包括:Insert, Line, Phenotype, gene等,分别仔细了解每个部分的详细情况,掌握它们之间的关系。 提供的功能包括:简单查询、高级查询、统计信息、GBrowse显示、BLAST、帮助。 需求分析 Insert包括的信息:插入名称、插入位置、插入方向、插入染色体号、DNA样品信息、Construct信息、品系、插入序列等 Line包括的信息:line名称、毛色、line的状态 Phenotype包括的信息:Hetero/Homo、stage、organ/tissue、图像、录像、资料等。 需求分析 简单查询:用户提供一个关键词对Insert、Line、Phenotype、Construct等的表进行查询 高级查询:用户可以根据染色体和基因组起始位置、line的stage、phenotype等组合查询数据库 统计信息:根据染色体位置和Insert在基因组上的位置信息产生饼状图和柱状图 GBrowse:显示小鼠基因组所有gene和所有Insert的位置和相关性 BLAST:根据用户输入的序列查询所有Insert的序列 业务设计 业务设计是对需求的提炼,把需求转变为开发人员可以进行开发的业务流程图, 以PBmice为例,把Insert,Line,Phenotype等需求提取出的信息设计成数据库中的表,设计它们之间的关系。 业务设计 简单查询设计 用户 Insert Line In All Phenotype Strain 简单查询方法 数据库 业务设计 业务设计 高级查询 用户 chromosome phenotype Organ stage 高级查询方法 数据库 关键字 业务设计 MP-PBmice:Task for mapping the insertional mutations onto the mouse genome Experimental Procedure Flow production From PBmice to MP-PBmice Integrated information of PB insertional mutations and their characterizations in mice: PBmice (NAR, 2008 vol.36, Http:///PBmice) Daily book-keeping and information exchange between experimental groups for the mapping procedure: MP-PBmice Strict Access Control Work Flow Control 技术选择 数据库系统开发语言 JAVA语言(J2EE体系架构) Perl语言 PHP ASP ASPX CGI 技术选择 JAVA语言(J2EE)的优点 面向对象 可移植性 安全性 健壮性 并发机制 …… 技术选择 Java与C语言的区别 优点 Java语言来源于C、C++和VC++语言 Java增加了虚拟机 Java去掉了C语言中的“指针” 相对于C语言,Java是面向对象的 Java语言特别适合开发网络应用程序 缺点 执行效率方面,Java没有C语言高 在基于操作系统编程方面,Java语言没有C语言方便 技术选择 Windows Linux Unix
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