硅的晶格常数和体弹模量的计算.PDFVIP

Project #1 硅的晶格常数和体弹模量的计算   一、平衡晶格常数和内聚能 自然条件下硅为金刚石结构(dc)。计算模拟时，我们可以假定它为各种结构，fcc, bcc, sc, dc. 可以预测，模拟的dc结构的硅的体系能量最低，也即最稳定。下面我们将运用LAMMPS 来对硅的各种结构进行模拟。 定义晶格能量为 Φ， 数密度为 ρ： E  pot N N  V 其中 Epot 为势能，N 为体系总原子数，V 为体系的体积。选取 Stillinger-Weber (SW)， 以下面命令执行 lammps 运算： $ lmp_serial in.Silicon –log dc.log 其中，lmp_serial 为 lammps 命令；”” 符号为读取符；in.Silicon 为输入文件，里 面包含运算所需要的各种数据和命令；-log 指定输出文件的名称。 可以看到屏幕上显示出 lammps 运行的信息。这个计算量很小，所以很快就结束。接下 来以如下命令来查看计算得到的数据： $ grep ^@ dc.log grep 是 linux 中一个很重要的命令，用来搜索文本，读取匹配的行并打印出来。这里是 搜索 dc.log 文件，将 @ 开头的行打印出来。如下： @@@@ (lattice parameter, rho, energy per atom): 5.4305 0.0499540303 -4.336599609 @@@@ (lattice parameter, rho, energy per atom): 5.4306 0.04995127076 -4.336599763 @@@@ (lattice parameter, rho, energy per atom): 5.4307 0.04994851143 -4.336599879 晶格参数为 5.4305 埃,数密度为 0.0499540303，每个原子的能量为-4.336599609eV. 1    下面具体来看刚才给的输入文件，in.Silicon. # bulk Silicon lattice # 注释行，随便给 units metal # 单位，指定为 lammps 里的金属类的单位，长度为Å，能量为eV。 boundary p p p # 周期性边界条件 atom_style atomic # 原子模式 variable x index 5.4305 5.4306 5.4307 5.4308 5.4309 5.4310 5.4311 5.4312 5.4313 5.4314 5.4315 # 定义变量x，在运行中x 逐一取这些值。本例中为各个晶格常数。 lattice diamond $x # 晶格，指定金刚石结构的晶格，晶格常数为x 的值 #lattice diamond 5.431 #lattice fcc 3.615 # 如果计算fcc 结构的晶格，则将晶格常数取在 3.615 附近 #lattice bcc 3.28 # 同上 #lattice sc 2.60 # 同上 region box block 0 3 0 3 0 3 # 划定区域，x∈[0,3