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Disc Discovery Studio PAGE PAGE Discovery Studio 上机操作 Tutorials （Discovery Studio 版本：3.0） Discovery Studio 基本操作 Discovery Studio 基本操作 目的： 通过此教程，了解并掌握 Discovery Studio 中一些基本操作。 所需功能和模块：Discovery Studio Visualizer client 所需数据文件：pk-10.sd 和 1aq1.pdb。 所需时间：30 分钟 介绍 在使用软件进行课题研究前，我们首先应该了解并掌握该软件使用的一些基本操作。为后续 的体系处理做好准备工作。这个教程包括： ? 小分子配体准备 ? 蛋白文件的处理 小分子配体准备 在 Discovery Studio（DS）中，可以直接构建分子结构，也可以将在其它画图软件中画好的 结构直接拷贝到 DS 中，本教程演示如何在 DS 中构建。 1. 调用 Sketching 功能 从 View 菜单下，打开 Toolbars，选择 Sketching， Toolbars 中将显示各种 Sketching 的工具，这些工具可以用来构建化合物的初始结构。 2. 利用 Sketching 构建化合物的 3D 空间构象 打开一个分子显示窗口（Molecule Window），File>new>Molecule Window 注：DS 中有四种窗口模式，包括 Molecule window（显示分子结构），Protein Sequence Window （显示蛋白序列），Nucleotide Sequence Window（显示核酸序列），Script Window（显示程 序语言），因此我们需要根据载入的文件类型选择窗口。 DS 中构建化合物的 3D 空间构象非常容易，也非常灵活。本教程以以下化合物为示例，以 图示的方法演示如何构建化合物的结构。 HN OH O N S Cl N O H 选择 ，在窗口中画出结构 1，点击 将其选中，Chemistry>Bond>Aromatic 得到结构 2， 选择，构建各连接单键，可得到结构 3，再次点击相应的键就可以构建双键结构 4，更换 元素类型，选中某个碳原子，Chemistry>Element 更换相应元素即可，最后得结构 5。 1 2 3 4 5 图 1 分子结构构建过程 选择 Structrue>Clean Geometry 可进一步优化此化合物的几何三维结构。 3. 使用 protocol 处理多个配体结构 如果配体数目较多，还要考虑对映异构体等因素时，可用流程浏览器中的 Prepare Ligand 处 理该体系，通过此操作不仅可以产生三维结构，加氢，还可以产生异构体，并可以选择用 Linpiski’s rules of five 作为筛选条件。 从 File 中选择并打开 pk-10.sd 文件，默认为以表格浏览器（Data Table View）形式打开，快 捷键 Ctrl+G 可打开图形窗口，Ctrl+H 可打开树状窗口。将相应分子的表格属性中 visible 前选中，即可观看分子结构(图 2) 图 2 pk-10.sd 的输入分子结构 点击 Tools|Small Molecules，展开菜单中的 Prepare or Filter Ligands 一栏，在其下拉列表的 Prepare 中点击“Prepare Ligands”， 流程对应参数打开（图 3）。 图 3 “Prepare Ligands”流程参数设置 点击 Run 运行作业，等待作业完成。 从菜单中选择 Window | Close All，关闭所有窗口。 双击作业浏览器（Jobs Explorer）窗口中相应的行，打开 Report 页面。 图 4 输出的结果文件 输入的 10 个结构，经过处理后产生 31 个配体分子，打开 Output Files 中的 pk-10.sd，观察 结果。 蛋白文件的处理 1. 蛋白结构的载入 介绍三种蛋白结构的载入方法 1.1 可通过 DS 直接从 PDB 库中下载蛋白结构 File>Open URL 可出现图 5 对话框，直接输入蛋白 ID 号 如果机器联网，即可直接下载到视窗中。 图 5 “Open URL 1.2 可通过流程浏览器中的 RCSB Structrue Search 模糊查询所有符合条件的蛋白 点击 Tools|Macromolecules，展开的菜单栏中点击 Query Online Databases，点击其下拉菜单 中 Search Databases 中的 “RCSB Structrue Search”按钮， 流程对应参数打