《基于公共序列数据库的Cucumis属EST-SSR标记的鉴定、开》-精选课件.ppt

基于公共序列数据库的Cucumis属EST-SSR标记的鉴定、开发和利用 博士研究生：孔秋生 指 导 教 师： 向长萍 教 授 1.1 课题的提出 遗传标记是作物遗传育种研究的重要工具 SSR标记具有优良的性质 数量丰富 多态性高 重复性好 呈共显性遗传 gSSR标记的开发费时费力而且成本很高 1.1 课题的提出 EST被大规模测序并存放于公共序列数据库中 用于新基因的发现 基因表达调控的研究 基因芯片的底物 EST为分子标记的鉴定、开发及其进化规律等方面的研究提供了丰富的序列资源 1.1 课题的提出 EST-SSR与gSSR相比的优点 在相关物种之间具有很高的可转移性 通常都代表着某种功能 开发过程简单成本低 高质量标记的比率高 1.1 课题的提出 EST-SSR与gSSR相比应用上的优点 反映出“真实的遗传多样性” 用于MAS时可以进行直接的等位基因选择 非常适用于比较作图研究 合并不同遗传图的锚定位点 1.1 课题的提出 Cucumis属：甜瓜、黄瓜 世界上广泛种植 具有重要的经济价值 Cucumis的EST序列有10000多条 经济高效地开发出可用的EST-SSR标记 1.2 文献综述 分子标记的分类： Gupta et al. 1999 以杂交技术为基础的标记：RFLP 以PCR技术为基础的标记：RAPD、AFLP ISSR、SSR 以测序和DNA芯片为基础的标记：EST、SNP 1.2 文献综述 分子标记的分类： Schl?tterer 2004 蛋白质变异体（protein variants）：同工酶 DNA序列多态性：RAPD、AFLP、ISSR、SNP DNA重复变异：SSR 1.2 文献综述 分子标记的分类： Andersen Lubberstedt 2003 随机DNA标记（Random DNA marker） 基因靶向标记（gene targeted markers） 功能标记（functional markers） 代表了分子标记的发展方向 1.2 文献综述 1.2.1 随机DNA标记： 基于基因组DNA随机开发的位置不确定的DNA标记 1.2 文献综述 1.2.3功能标记（FMs） 功能标记的优越性能 位于功能基因的内部，与功能基因是完全连锁的，不易被遗传重组所打断 FMs可以可靠地用于不同的群体而不需要事先作图 在作图群体中不存在由于重组而带来的信息丢失的危险 在自然群体或育种群体中，FMs能够更好地代表遗传多样性 1.3 研究目的和内容 基于公共序列数据库，利用数据挖掘技术，开发Cucumis属的EST-SSR标记 分析Cucumis属转录区SSR的分布特征； 分别开发黄瓜和甜瓜的EST-SSR标记，分析其在Cucumis属的可转移性 评价EST-SSR在Cucumis系统发生关系研究中的表现 2．材料与方法 3.结果与分析 3.1 Cucumis属EST-SSR的鉴定 采用Primer3在线软件设计SSR位点的侧翼引物 产物长度设为100～300bp 引物的长度为18～27bp 黄瓜上选取54个SSR位点设计引物 甜瓜上选取56个SSR位点设计引物 EST-SSR位点的命名采用种名加一个编号的方式 黄瓜（ Cucumis sativus） ：CS01~CS54 甜瓜（ Cucumis melo） ： CM01~CM56 无扩增产物的引物对 有非特异性扩增产物的引物对 有特异性扩增产物，但没有多态性的引物对 有多态性产物的引物对 NetGene2和GeneSplicer 来推测在扩增失败的位点引物结合区和扩增区是否有剪切位点的存在 CS10、CM12扩增区域内部发现了两个受体位点 CS33、CM36上发现了一个受体剪切位点存在于其正向引物的结合区域。 在CM14、CM27的扩增区域并没有剪切位点发现 黄瓜CS11、CS18、CS54 甜瓜CM03、CM08、CM11、CM31、CM42 一是产物远大于期望片段 二是产生偏离目标片段的多个产物 黄瓜有26单态性的 EST-SSR位点（48.1％） 有20个在甜瓜上有特异性扩增产物 甜瓜有25单态性的 EST-SSR位点 在黄瓜上23对引物检测到20个多态性 EST-SSR位点 13个EST-SSR位点位于CDS区 4个位于5’UTR 3个位点位于3’UTR 在20个黄瓜多态性 EST-SSR位点 检测到的等位基因2～6个，平均为3.3个 平均观测杂合度为0.404 平均期望杂合度为0.465 在20个黄瓜多态性 EST-SSR位点 20个EST-S