利用条件错误发现率方法识别欧洲人群炎症性肠病相关位点.PDF

ｄｏｉ：１０．１３７０５／ｊ．ｉｓｓｎ．１６７１６８２５．２０１８．０４．０９８ 利用条件错误发现率方法识别欧洲人群炎症性肠病相关位点 夏　鑫，吕万强，张　蔷，刘会敏，张卫东 郑州大学公共卫生学院流行病学教研室 郑州 ４５０００１ 关键词　欧洲人群；溃疡性结肠炎；克罗恩病；条件错误发现率；炎症性肠病 中图分类号　Ｒ３９４．５ 摘要　目的：利用更高效的数据分析方法识别更多与炎症性肠病相关的遗传变异位点。方法：炎症性肠病的 全基因组关联研究（ＧＷＡＳ）汇总数据来源于国际炎症性肠病遗传学联合会官网，其中，溃疡性结肠炎（ＵＣ）相关的 ＧＷＡＳｍｅｔａ汇总数据涉及２０４６４个对照和６９６８个病例；克罗恩病（ＣＤ）相关的ＧＷＡＳｍｅｔａ汇总数据涉及 １４９２７ 个对照和５９５６个病例。首先利用条件 ＱＱ图和条件真实发现率（ＴＤＲ）图评估疾病之间多效性富集程度；再计算 ＳＮＰｓ的条件错误发现率（ｃＦＤＲ）和联合的条件错误发现率（ｃｃＦＤＲ），以０．０１为显著性阈值筛选与疾病相关的遗传 位点。结果：一共识别了４３个新位点和ＵＣ相关；８６个新位点和ＣＤ相关；２２个新位点与ＵＣ和ＣＤ都相关。结论： 新识别的这些遗传位点为研究 ＵＣ和 ＣＤ的遗传和致病机制提供了新的线索。 Ｉｍｐｒｏｖｅｄｄｅｔｅｃｔｉｏｎｏｆｌｏｃｉａｓｓｏｃｉａｔｅｄｗｉｔｈｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙｂｏｗｅｌｄｉｓｅａｓｅｉｎ ＥｕｒｏｐｅａｎｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓｕｓｉｎｇｔｈｅｃＦＤＲｍｅｔｈｏｄ ＸＩＡＸｉｎ，ＬＹＵＷａｎｑｉａｎｇ，ＺＨＡＮＧＱｉａｎｇ，ＬＩＵＨｕｉｍｉｎ，ＺＨＡＮＧＷｅｉｄｏｎｇ ＤｅｐａｒｔｍｅｎｔｏｆＥｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｙ，ＳｃｈｏｏｌｏｆＰｕｂｌｉｃＨｅａｌｔｈ，ＺｈｅｎｇｚｈｏｕＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｚｈｅｎｇｚｈｏｕ４５０００１ Ｋｅｙｗｏｒｄｓ　Ｅｕｒｏｐｅａｎｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ；ｕｌｃｅｒａｔｉｖｅｃｏｌｉｔｉｓ；ｃｒｏｈｎ′ｓｄｉｓｅａｓｅ；ｃｏｎｄｉｔｉｏｎａｌｆａｌｓｅｄｉｓｃｏｖｅｒｙｒａｔｅ；ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ ｂｏｗｅｌｄｉｓｅａｓｅ Ａｂｓｔｒａｃｔ　Ａｉｍ：Ｔｏｉｄｅｎｔｉｆｙｍｏｒｅｌｏｃｉａｓｓｏｃｉａｔｅｄｗｉｔｈｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙｂｏｗｅｌｄｉｓｅａｓｅ（ＩＢＤ）ｂｙｕｓｉｎｇｔｈｅｃｏｓｔｅｆｆｅｃｔｉｖｅ ａｎａｌｙｔｉｃａｌｍｅｔｈｏｄｓ．Ｍｅｔｈｏｄｓ：ＴｈｅＩＢＤｒｅｌａｔｅｄｇｅｎｏｍｅｗｉｄｅａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎｓｔｕｄｙ（ＧＷＡＳ）ｍｅｔａｓｕｍｍａｒｙｄａｔａｓｅｔｓｗｅｒｅ 【基金项目】河南省科技攻关计划基金资助项目（１７２１０２３１０６４４） 【作者简介】张卫东，通信作者，男，１９６３年 １０月生，博士，教授，研究方向：感染性疾病与分子流行病学、临床流行病学，Ｅｍａｉｌ：ｉｍｏｏｎｉ＠１６３．ｃｏｍ ·５９０· 郑州大学学报（医学版）　２０１８年９月　第５３卷　第５期 ｄｏｗｎｌｏａｄｅｄｆｒｏｍｔｈｅｏｆｆｉｃｉａｌｗｅｂｓｉｔｅｏｆｔｈｅＩｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌＩｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙＢｏｗｅｌＤｉｓｅａｓｅＧｅｎｅｔｉｃｓＣｏｎｓｏｒｔｉｕｍ．Ｔｈｅｕｌｃｅｒａｔｉｖｅ ｃｏｌｉｔｉｓ（ＵＣ）ｒｅｌａｔｅｄＧＷＡＳｍｅｔａｓｕｍｍａｒｙｄａｔａｉｎｃｌｕｄｉｎｇ２０４６４ｃｏｎｔｒｏｌｓａｎｄ６９６８ｃａｓｅｓ，ａｎｄｔｈｅｃｒｏｈｎ′ｓｄｉｓｅａｓｅ（ＣＤ） ｒｅｌａｔｅｄＧＷＡＳｍｅｔａｓｕｍｍａｒｙｄａｔａｉｎｖｏｌｖｉｎｇ１４９２７ｃｏｎｔｒｏｌｓａｎｄ５９５６ｃａｓｅｓｗｅｒｅｃｏｌｌｅｃｔｅｄ．Ｆｉｒｓｔｌｙ，ｗｅｕｓｅｄｔｈｅｃｏｎｄｉｔｉｏｎ ａｌｑｕａｎｔｉｌｅｑｕａｎｔｉｌｅ（ＱＱ）ｐｌｏｔｓａｎｄｔｈｅｃｏｎｄｉｔｉｏｎａｌｔｒｕｅｄｉｓｃｏｖｅｒｙｒａｔｅ（ＴＤＲ）ｐｌｏｔｓｔｏａｓｓｅｓｓｔｈｅｄｅｇｒｅｅｏｆｔｈｅｐｌｅｉｏｔｒｏｐｉｃ ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔｂｅｔｗｅｅｎｔｈｅｓｅｔｗｏｄｉｓｅａｓｅｓ．Ｔｈｅｎｗｅｃａｌｃｕｌａｔｅｄｔｈｅｃｏｎｄｉｔｉｏｎａｌｆａｌｓｅｄｉｓｃｏｖｅｒｙｒａｔｅ（ｃＦＤＲ）ａｎｄｃｏｎｊｕｎｃｔｉｏｎ ｃＦＤＲ（ｃｃＦＤＲ）ｆｏｒｅａｃｈＳＮＰ，ｉｆｔｈｅｃＦＤＲｏｒｃｃＦＤＲｏｆａＳＮＰｗａｓｓｍａｌｌｅｒｔｈａｎｔｈｅｓｉｇｎｉｆｉｃ