基于openmp的启动子数据分析系统的设计与实现-软件工程专业论文.docxVIP

分类号U 分类号 U D C o ●o ● 密级 公 殛 Z毋庐夕擎 硕士研究生学位论文 基于OpenMP的启动子数据分析系统的设计 与实现 申请人： 石燕 学 号： 213．1402 培养单位： 计算机科学与技术学院 学科专业： 软件工程 研舫向： 计算生物学 指导教师： 陆军教授 完成日期： 2015年5月16日 万方数据 qllil qllilhllllll 一iiiiiiiiii暑iiiiiiiiiiii宣iiiiiiiiiiii宣宣iiiiiiiiiiiiiiiiiiii皇塑 Y2770 1 中文摘要 本文对启动子基因数据进行分析及处理，设计并实现了一个基于OpenMP的 启动子数据分析系统，针对大豆的植物启动子序列进行分析。 首先，截取不同植物启动子基因上游1KB区域的序列作为实验数据，与固定 的469个Motif元件进行定位工作。标识出这469个调控元件在lKB启动子序列 中的匹配次数及匹配位置。在匹配过程中，根据需求将匹配结果进行相应去重， 利用现有软件进行频繁模式挖掘处理。其次，对频繁械挖掘的结果文件进行P值 计算，采用素数拆分算法，提高了P值的计算精度。将频繁调控元件组合文件以0． 05／C(469，m)为标准进行过滤，保留有效的频繁组合数据。最后，对异类植物启 动子序列经处理之后的各自频繁组合文件进行共享分析及处理，得到异类植物之 间的共享频繁调控元件，再进行