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多序列比对的原理以及clustal在多序列比对中的应用中山大学生科院2003年10月 牛牛文库文档分享内容提要多序列比对的意义多序列比对的方法自动多序列比对的算法Clustalx的使用（clustal法）实例分析 牛牛文库文档分享序列相似性比较和序列同源性分析序列相似性比较： 就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较，用于确定该序列的生物属性，也就是找出与此序列相似的已知序列是什么。完成这一工作只需要使用两两序列比较算法。常用的程序包有BLAST、FASTA等；序列同源性分析： 是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它序列间的同源性大小。这是理论分析方法中最关键的一步。完成这一工作必须使用多序列比较算法。常用的程序包有CLUSTAL等； 牛牛文库文档分享多序列比对的意义用于描述一组序列之间的相似性关系，以便了解一个基因家族的基本特征，寻找motif，保守区域等。用于描述一个同源基因之间的亲缘关系的远近，应用到分子进化分析中。其他应用，如构建profile，打分矩阵等。 牛牛文库文档分享多序列比对的方法同源性分析中常常要通过多序列比对来找出序列之间的相互关系，和blast的局部匹配搜索不同，多序列比对大多都是采用全局比对的算法。这样对于采用计算机程序的自动多序列比对是一个非常复杂且耗时的过程，特别是序列数目多，且序列长的情况