基因组研究鸟兽学会华大基因樊杰伟20101016.pptVIP

Short read assembly: de bruijn graph algorithm De novo测序与组装策略 测序策略：各种插入片段长度组合(pair-end测序) 组装算法：基于Kmer的de bruijn graph算法 当前illumina reads长度已达100bp,采用大Kmer技术(63bp)提高组装效果。 物种谱系进化关系与自然选择压力研究 基因家族进化与基因拷贝数研究 生物学问题的基因组学解释 大熊猫为什么吃竹子？ 蚂蚁为什么具有社会行为？ 同科或者同属内多个物种测序 对近亲物种进行集体研究，可以发现大量有意义的进化规律。 测序成本的降低，使大规模进行物种de novo测序成为现实。当前做一个哺乳动物基因组(3Gb)的成本约为350万人民币，做一个鸟类基因组(1.2Gb)的成本约为200万人民币。 华大提供打包测序优惠服务：测得越多，单个物种成本越低。 Re-sequencing, identify SNP, indel, SV 2008年 炎黄一号：第一个中国人 基因组图谱 飞跃：1%→10% → 100% 家蚕重测序项目 (家养蚕29种，野生蚕11种，各测3X) 大熊猫重测序 选取全国各区系的代表大熊猫以及博物馆中大熊猫样品约50种，每个进行6X以上全基因组测序。 探查大熊猫种群的多态性，群体结构，推断种群进