第04讲-药木物设计理论与方法.pptVIP

* * * * * * CPK模型，显示了不同元素以及分子不同部分的相对体积。这种模型基于球形的电子云，原子之间和键之间的键连接不能直观的表示。但是与其他模型相比，CPK模型能更好地带给人们有关分子空间的第一印象。 * 范德华表面，通常也成为硬球模型，或者范围模型，它和空间填充模型相对应，是对分子表面最简单的表征。它由所有原子的范德化半径决定。在处理过程中，我们首先需要得到每个原子的范德化半径。在一个分子中，成键原子的范德化半径所构成的球将会有一部分相互渗透重叠，组合后得到的原子球表面成为范德化表面。Connolly表面和范德化表面相比，是一个平滑的表面，它是通过一个在范德化表面滚动球形探针，得到的表面就是Connolly表面。通常把水分子的半径作为一个通用的球形探针。溶剂可及表面是一类较为精确的表面，它包含了connolly表面，和范德化表面计算类似，通过一个在范德化表面滚动球形探针，探针中心运动的轨迹决定了分子的溶剂可及性表面。溶剂排斥表面与Connolly表面密切相关，从另外一个角度来定义分子表面，假设溶剂分子可以进入分子内，同时检测当溶剂环绕分子时分子看起来呈现的状态。 * * 这个给出Tryptophan的分子表面。事实上，分子的表面可以通过不同的方式表示，可以通过网状，固体状及半透明状的形式来表示。半透明状或者是网状的表示方法在表示分子表面的同时，还可以看到分子的三维结