分子标石记技术及其应用.pptVIP

分子标记技术及其应用 遗传标记主要有四种类型: 形态标记（morphological marker） 细胞标记（cytological markers） 生化标记（Biochemical marker） 分子标记（molecular marker） 分子标记的优越性： 直接以DNA形式出现，生物体的各个组织、各发育时期均可检测到，不受季节、环境的限制，不存在表达与否的问题； 数量极多，遍及整个基因组； 多态性高，利用大量引物、探针可完成覆盖基因组的分析； 表现为中性，即不影响目标性状的表达，与不良性状无必然的连锁； 许多标记为共显性。 1. 几种常用的分子标记技术 基于Southern杂交的分子标记 基于PCR技术的分子标记 1.1 基于Southern杂交的分子标记 限制性片段长度多态性（Restriction Fragment Length Polymorphism） 小卫星DNA（Minisatellite DNA） 1.1 基于Southern杂交的分子标记 限制性片段长度多态性， 简称RFLP 优点：稳定，是一种共显性标记，可区分纯合体与杂合体。 缺点： 分析所需DNA量较大， 步骤较多，周期长， 制备探针及检测中要用到放射性同位素 1.1 基于Southern杂交的分子标记 小卫星DNA又称数目可变串联重复序列（Variable Number of Tandem Repeat，VNTR）是一种重复DNA小序列，为10-几百核苷酸，拷贝数10-10000不等。 缺点：多态性分布集中，合成探针困难，应用并不广泛。 1.2 基于PCR技术的分子标记 随机扩增片段长度多态性DNA　（Random Amplified Polymorphic DNA） 特异性扩增子多态性（Specific Amplificon Polymorphism，SAP） 简单重复序列（Simple Sequence Repeat，SSR） 扩增片段长度多态性（Amplified Fragment Length Polymorphism，AFLP） 1.2 基于PCR技术的分子标记 随机扩增片段长度多态性DNA，简称RAPD技术 是由Williams和Welsh（1990）同时发展起来的一项遗传标记技术。RAPD一般采用10个核苷酸的DNA序列为引物，扩增时退火温度降至35℃左右。 1.2 基于PCR技术的分子标记 RAPD的优点： 无种属特异性 适合于自动化分析 不需制备探针、杂交等程序，成本较低。 DNA用量少，允许快速、简单地分离基因组DNA。 1.2 基于PCR技术的分子标记 RAPD缺点： 是一种显性标记 稳定性较差 1.2 基于PCR技术的分子标记 特异性扩增子多态性（Specific Amplificon Polymorphism，SAP）或称序标位（Sequence Tagged Sites，STS）包括以下两种： 酶切扩增多态性序列（Cleaved Amplified Polymorphic Sequence，CAP） 序列特异性扩增区（Sequence-characterized Amplified Region，SCAR）和位点特异相关引物（Allele－Specific Associated Primers，ASAP） SCAR标记 1.2 基于PCR技术的分子标记 简单重复序列（Simple Sequence Repeat，SSR）或称微卫星DNA（Microsatellite Repeat）、简单串联重复序列（Short Tandem Repeat Polymorphism，STRP）。 在真核生物中，存在许多2-5bp简单重复序列，称为“微卫星DNA”其两端的序列高度保守，可设计双引物进行PCR扩增，揭示其多态性。 1.2 基于PCR技术的分子标记 扩增片段长度多态性（Amplified Fragment Length Polymorphism，AFLP），又称选择性限制片段扩增（Selective Restriction Fragment Amplification）。 2 分子标记在育种中的应用 分子图谱的构建 品种、品系鉴定和杂交种纯度分析 亲缘关系分析 基因标记及标记辅助育种（Marker-assisted Selection，MAS） 数量性状因位点（QTL）的分子标记辅助选择 2.1 分子图谱的构建 主要包括以下步骤： 根据遗传材料之间的多态性确定亲本组合，建立作图群体； 群体中不同植株或品系的标记基因型分析； 标记间的连锁关系。 2.2品种、品系鉴定和杂种纯度分析 在国外，指纹图谱用来鉴定作物品种的DUS（Distinctness，Unformity， Stability），为品种审定、