全基因组扩增方法的建立及其在法医学中的应用病理学与病理生理学专业论文.docxVIP

兰州大学硕士学位论文中文摘要 兰州大学硕士学位论文 中文摘要 研究背景与目的 在法医学检案实践中，常遇到样本DNA含量极其有限，以致DNA分型无 法完成或不能满足重复检测的需要。因此，对微量模板DNA分析便成为法医学 DNA检验的一个难题。以PCR．STR为代表的遗传标记分析技术虽然一定程度上 解决了法医学微量检材的难题，但一些检材仍因DNA含量极其有限而无法检测 成功；或仅检出少数基因座而无法使累计鉴别能力达到认定水平。这类检材被称 为痕量DNA，也称低拷贝模板00w copy number，㈣，Gill等将其定义为低于 lOOpg的模板DNA。为解决这一难题，有研究用增加PCR循环数，但模板DNA 量太低时易产生等位基因丢失或非特异带，且循环数增加到一定程度后再增加循 环数也不会显著增加灵敏度；另外，有人试图用巢式PCR，但巢式PCR技术仅 限于单一位点分析，无法提高目前法医学中常规DNA检测所用的多位点复合扩 增所需的模板数量。全基因组扩增(Whole Genome Amplification，WGA)是一种 能从有限的DNA样品获得充足的DNA量供后续分析的技术，其基本思路是通 过对微量组织甚至单个细胞的整个基因组DNA扩增，大幅度增加DNA的总量。 因此被认为是目前可以解决上述难题的一种有效方法。 WGA技术经10余年探索，在方法上已逐步发展和不断完善起来，已被广 泛用于疾病基因研究等领域，并取得了良好的效果。但在法医学方面的应用很少。 在目前常用的几种WGA方法中，改良扩增前引物延伸方法(Improved pdmer extension preamplification，IPEP)和多重置换扩增方法(Multiple displacement amplification，MDA)对STR基因座分型显示出较好的效果。故本研究探讨了这 两种方法用于法医学微量检材的效果，包括对其灵敏度、扩增忠实性、能否用于 法医学常用STR基因座及常用检材等进行系统性研究，从而对其用于法医学实 践的可行性进行评价，并建立稳定可行的技术方案。 方法 1．对30例口腔拭子样品，采用酚．氯仿法提取DNA，实时荧光定量PCR技 术定量，并分别稀释成lng、0．5ng、O．1ng、O．05ng、O．025ng、O．01ng六种模板 量DNA，然后进行MDA反应和IPEP反应。采用实时荧光定量PCR技术检测 第1页 兰州大学硕士学位论文MDA方法和IPEP方法的产物浓度，比较两种方法的扩增效率。分别以MDA产 兰州大学硕士学位论文 MDA方法和IPEP方法的产物浓度，比较两种方法的扩增效率。分别以MDA产 物和IPEP产物为模板DNA，用AmpFLSTR@Idem访ler《黟试剂盒扩增，ABl3100 基因分型仪检测基因型，比较MDA产物和IPEP产物用于STR分型的效果。 2．对IPEP方法反应体系的成分和终浓度进一步优化，建立改良IPEP方法， 并检测其扩增效率和STR分型效果。将改良IPEP方法用于30例血液、30例血 纱、30例精液等三类法医学常见生物检材进行检测，观察改良IPEP方法的可重 复性和对法医学常见生物检材的适用性。 3．将改良IPEP方法用于20例汗潜指印、20例一次性牙刷、20例自然脱落 头发等三种法医学常见疑难微量检材的模拟案例，观察改良IPEP方法对上述检 材的STR分型效果；用于现场果核10例、矿泉水瓶10例、烟蒂10例、衣领10 例等实际案例，观察改良IPEP方法的实际案件检验能力。 结果 1．MDA法产量为5．15ug一19．75ug，可对模板DNA增加5．15x103—1．9sxlo 倍：IPEP法产量为0．5ng-66ng，可对模板DNA增加25～310倍。MDA法产物 浓度高于IPEP法，差异有显著性意义(F=3643．433，P0．001)。 2．常规检测法、MDA法、IPEP法的基因座检出数有显著性差异 (F=1033．297，P0．001)。当DNA模板量为lng时，常规检测方法、MDA方法、 IPEP方法均可获得复合扩增系统所有基因座的准确分型结果：当DNA模板量为 0．5rig时，常规检测方法和IPEP方法均获得所有基因座的准确分型结果，MDA 方法获得10个以上基因座的准确分型结果：当DNA模板量为0．1ng--,0．01ng时， MDA方法基因座检出数高于常规检测方法，IPEP方法基因座检出数高于MDA 方法。 3．DNA模板量／lng，其MDA产物杂合子基因座的等位基因扩增均衡；DNA 模板量≤0．5ng，其MDA产物的STR分型图谱可见等位基因不平衡或丢失现象， 且模板DNA量越低，等位基因不平衡或丢失现象越明显。DNA模板量／0．05ng， 其IPEP产物杂合子基因座的等位基因扩增均衡；D