分子动力系综讲解.pdfVIP

分子动力学模拟的基本过程 黄敏生 基本步骤 A.原子位置的初始化 • 建立分子动力学模拟过程的首要问题和第 一步是确定分子体系的初始条件 。 • 两种方式，一是采用实验数据 ，二是借助 各 理论模型得到分子结构的几何参数 ， 如面心立方 (FCC)模型等。 A.原子位置的初始化 • 1.无论采取哪种方法，给定分子结构的空间坐 标都不一定处在分子力场最稳定的位置 ，即 各原子并非处在平衡态 ，造成体系的能量比 较高 。 • 2.要进行一个不施加载荷的弛豫过程，使得系 统达到稳定的平衡状态 （共轭梯度法）。 • 3.在这个过程中，系统从人为的初始构形转变 成真实初始构形，势能减小并达到稳定。 • 4.初始条件最好与真实构形类似 ，FccBCC, 固体结果影响较大，气体影响较小。 A.原子速度的初始化 • 1.为使模拟尽快达到平衡，分子初始速度的 分布应该尽量接近真实情形 。 • 2.采用近似的Maxwell-Boltzmann统计分布