高原作物青稞根及根际内生细菌群落结构的高通量分析.PDFVIP

总第175期 49 作物杂志 Crops 2016（6）：49-52 DOI：10.16035/j.issn.1001-7283.2016.06.009 高原作物青稞根及根际内生细菌 群落结构的高通量分析 1 2 1 3 1 刘振东 王 波 薛 蓓 王强锋 侯 磊 1 2 （ 西藏农牧学院，860000，西藏林芝； 西藏自治区农牧科学院农业研究所，850032，西藏拉萨； 3 四川省农业科学院生物技术核技术研究所，610061，四川成都） 摘 要 利用高通量测序技术分析了西藏青稞主栽品种藏青 2000 根及根际内生细菌的 16S V4 变异区序列，同 时应用 UparseRON、KA 等软件整理和统计样品序列数和操作分类单元（OTU）数，分析物种丰度及 Alpaha 多样性等指标。获得的用于分析青稞根部内生细菌的有效序列和 OTUs 为 55 192/3 613，用于分析青稞根际土 壤内生细菌的有效序列和 OTUs 为 62 181/4 399；根部及根际土壤 Chao1 指数分别为 3 443.4290 和 4 632.5820， shannon 多样性指数分别为 8.542 和 9.967。在门水平对代表性 OTU 进行注释发现，青稞根及根际土壤内生细菌 主要是变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、放线菌门（Actinobacteria）、酸杆菌门（Acidobacteria）、 厚壁菌门（Firmicutes）。在属水平上主要是假单胞菌属（Pseudomonas ）、链霉菌属（Streptomyces ）、土地杆菌 属（Pedobacter ）、黄杆菌属（Flavobacterium ）、红游动菌属（Rhodoplanes ）。结果显示，青稞根及根际内生细 菌具有丰富的多样性，且二者的优势菌属一致。 关键词 青稞；根；根际；内生细菌；种类；丰度 植物内生细菌是生活于植物各种组织和器官的 一区域被称为根际 [8] 。植物内生细菌和根际细菌是 细胞间隙或细胞内，并与植物建立了和谐联合关系 植物微生态系统中的重要组成部分。植物根际和根 的一类微生物 [1-4] 。大部分植物内生菌对植物有益， 部内生细菌所发挥的重要生态生理作用，以及在农 如促生作用、降解有毒物质、抗逆境、抗动物摄食、 业领域的巨大应用潜力逐渐被人们所认识，成为微 抗病原真菌和细菌以及其他化感作用等 [5] 。了解植 生态领域的研究热点。本研究以高原特色农作物青 物内生细菌多样性有助于阐明其生理功能，优化植 稞为研究对象，以青稞根及根际土壤为试验材料， 物的生长状态，是当前植物微生态领域的研究热点。 通过高通量测序技术研究青稞根部及根际土壤内生 目前，国内外针对农作物内生细菌的研究，主要集 细菌的群落结构，为建立青稞内生菌种质资源库、 中在水稻、小麦、玉米等大宗作物上 [6-7] ，而针对 挖掘利用青稞内生菌资源提供理论基础。 高原特色作物青稞尚未见系统研究报道。青稞是青 1 材料与方法 藏高原地区种植面积最大，最具优势的特色粮食作 物。目前，在青稞栽培生产中，产量低、病害多已 1.1 材料 成为制约青稞产业发展的主要因素。传统的化肥及 供试青稞材料为藏青 2000，于 2015 年 9 月采 农药虽然能在短时间内提高青稞产量，缓解供需矛