在基因组水平上探索基因表达的代谢和遗传控制——调控网络的研究方法.pptVIP

Fig. 4. 图解说明 正如编码关键酶的基因表达的改变能增强对代谢程途径调整调认识一样，大批量功能相关基因的表达行为分析，可以为研究酵母细胞适应多变环境的系统方法提供宽广视野。 几类基因，如细胞色素C相关基因，和那些参与TCA/乙醛酸循环和糖储藏反应途径的相关基因，在葡萄糖消耗时它们同等地被诱导表达。 相反，蛋白质合成的有关基因，包括核糖体蛋白，tRNA合成酶，和翻译、延长及初始因子的基因等，则表现出同等程度地表达降低。 在双峰转换过程中，超过95%的核糖体基因的表达至少降低2倍（Fig. 4）。 一个值得注意且有启发性的例外是编码线粒体核糖体的基因在葡萄糖限制后通常是被诱导，而不是被抑制，这对线粒体的生物发生是十分必要的。 当从酵母基因组中了解到更多关于每个基因的功能时，通过其全体基因表达模式获得深入了解细胞适应环境变化的能力将变得愈加强大。 Figure 5. Distinct temporal patterns of induction or repression help to group genes that share regulatory properties. 细胞密度的时序分布图 只在最后的时间点（20.5小时）表现出强诱导（大于9倍）的 7个基因 7个在18.5小时时间点早期诱导时mRNA水平上有一个峰。 细胞色素C氧化酶和泛醌细胞色素C还原酶基因。有一个与双峰转换一致的诱导标记 双峰转换前被抑制，并持续抑制进入稳定阶段的基因 核糖体蛋白基因包含一大类被抑制在葡萄糖降解（阶段）的基因。 Fig. 5. 诱导和抑制的不同时序模式有助于将基因根据它们共同调控特性分为相应的组： 细胞密度的时序分布图，在600nm OD测定和基质中葡萄糖浓度。 7个基因表现强诱导（大于9倍）只在最后的时间点（20.5小时）。除IDP2外，这些基因的每一个都有一个CSRE UAS。没有发现适合这张分布图的额外基因。 被标记的一类基因中有7个在18.5小时时间点早期诱导时mRNA水平上有一个峰。这些基因中在上游启动子区域都含有STRE重复基序。 细胞色素C氧化酶和泛醌细胞色素C还原酶基因。被一个与双峰转换一致的诱导标记，这些基因都含有一个HAP2,3,4 蛋白复合体识别的共有结合基序。至少17个基因具有相似的表达分布图。 SAM1, GPP1,和几个未知功能的基因在双峰转换前被抑制，并持续抑制进入稳定阶段。 核糖体蛋白基因包含一大类被抑制在葡萄糖降解（阶段）的基因。这些基因在其启动子上游都包含一个和多个的RAP1结合基序。RAP1是大多数核糖体蛋白中的一个转录调控子。 Fig. 5 具有相同表达分布图的来自额外群组的基因的例子在Fig. 5, C到F中显示。 在Fig. 5C中，已命名基因的上游序列都具有应激反应元件（STRE），但HSP42例外，以前研究表明它们至少部分受这些调控元 件(21-24)。 Fig. 5C中显示的对HSP42 和两个未描述特征的基因 (YKL026c，一个与谷胱甘肽过氧化酶有相似性的假想蛋白；YGR043c ，一个假定的二羟丙酮基转移酶) 的上游序列进行的研究 ，揭示这些基因中也都有应激反应基序CCCCT的上游重复序列。 在这张表达分布图上的酵母基因组中的13个额外基因中（包括HSP30, ALD2, OM45, 和10个未表明特征的开放阅读框（ORFs）（基因 ） (25)），有9个在其上游区域含有一个和多个可识别的STRE位点 Fig. 5 异源三聚体的转录活化因子复合体HAP2,3,4已显示对呼吸过程中几个至关重要基因的诱导发挥作用(26-28)。该复合体结合一个简并性的共有序列，已知为CCAAT盒子 (26)。利用共有序列TNRYTGGB进行计算机分析，已提示参与呼吸作用的大量基因可能为HAP2,3,4的特定靶点(30)。确实，在7个细胞色素c相关基因的每一个基因的上游序列中，均能发现一个假定的HAP2,3,4结合位点，这7 个基因显示出最大程度的诱导表达(Fig. 5D)。在12个被诱导表达的额外细胞色素C相关基因中，除一个例外，其余11个均有 HAP2,3,4结合位点。值得注意的是，我们发现，随着双峰转换，HAP4本身转录诱导差不多达9倍。 Fig. 5 核糖体蛋白生物合成的调控主要在转录水平，通过存在的一个相同的的上游激活元件进行，该元件可被Rap1DNA结合蛋白识别(31, 32)。Fig. 5F显示了7个核糖体蛋白的表达分布图，对7个基因上游序列的分析显示均存在共有Rap1结合基序(33)。这提示，在饥饿状态下，细胞内Rap1水平降低可能是造成核糖体蛋白表达的下降的原因(34)。确实，我们观察到在葡萄糖耗尽时， RAP1 mRNA丰度减少了4.4倍。 在149个编码已知或假定的转录